虚假供述和刑讯逼供
　　聂案当时的定案证据事实上只有口供，所谓的指认现场，也有可能把被告人打服以后再去指认。没有物证，在今天肯定是要留有余地的。在7月2日的研讨会上，中国人民大学法学院副教授李奋飞说。
　　很显然这是疑罪从有的原则。中国人民大学法学院副教授付立庆说。
　　单从王书金的供述看，不能认定他就是聂案真凶，但不能认定王书金为真凶，并不能与聂树斌案不能纠正划等号。7月2日，中国人民大学法学院副教授李奋飞在研讨会上说。
　　王书金的供述与聂树斌的供述出现了矛盾，按照刑诉法242条规定，当证据出现矛盾时，就可以提起再审。李奋飞说。事实上，有大量的冤错案件，都可以在刑侦程序和证据方面找到重审的依据。
　　中国人民大学法学院教授何家弘曾对50起死刑冤案进行统计分析，发现有47起案件中被告人做了虚假供述。其中有4起被法院或检察院正式认定存在刑讯逼供，还有84%的案件可能存在刑讯逼供。
　　北京大学法学院副教授陈永生也曾对20起死刑冤案进行分析，他发现，在20起冤案中，有多达19起案件存在刑讯逼供，只有1起案件，即河南张海生强奸案不存在刑讯逼供。在张海生案中，被害人在侦查人员的诱导下，错误指认张海生就是犯罪人，有了这一直接证据，侦查人员觉得没有必要刑讯。
　　陈永生发现，在其他案件中，侦查人员都进行了刑讯逼供，并且手段极为残酷。昆明市公安局戒毒所原民警杜培武涉嫌故意杀人案中，侦查人员对杜培武进行了长达31个昼夜的刑讯逼供。第一次讯问连续11天11夜，其间只在第4天让杜培武休息了三四个小时。第二次询问则持续了20个昼夜，杜培武最终供认自己杀人。佘祥林案中，侦查人员对被告人进行了10天11夜的刑讯，刑讯的手段包括不让睡觉、毒打、呛水、蹲马步等。
　　这些死刑冤案还往往忽视辩护人意见。浙江叔侄杀人冤案中，辩护律师已指出，被害人指甲内提取的DNA，与张高平叔侄不符，但仍未被法官采纳。一个法官做了十年以后，会基本上认为，到他这里的被告人几乎没有好人。这个偏见会影响法官的判断。李奋飞说。
　　死刑冤案的出现与中国特有的司法体制有关，中国人民大学法学院副教授刘计划说，人们常说‘公安定案，检察照办，法院宣判’，事实上导致了公安侦查取代了法院审判。
　　中国人民大学副教授魏晓娜说，现实中侦查环节如果出了问题，就不要指望在以后的程序中予以纠正，这说明我们的诉讼结构出了问题。很多国家的诉讼过程，要切断侦查对审判的影响，以避免法官先入为主，保障独立审判。但我国刑诉法修改，恢复了全卷移送机制之后，实际上把侦查结论和审判又捆绑在了一起。
　　魏晓娜认为，影响司法独立的还包括诉讼中的潜结构。比如如果出现检察院不起诉案件，对公安的绩效考核、升迁，甚至福利将造成影响，如果法院出了无罪判决，对检察员的考核也是否定性的。
　　纠错的极偶然因素
　　因此，在现实案例中，纠错往往源于极偶然的因素。
　　北京大学法学院副教授陈永生统计分析的20起死刑冤案中，包括2005年，最高检察院两次通知和最高法院座谈会通报的案件，他发现这些冤案被纠正的理由，百分之百是因为真凶出现或是被害人复活。
　　同时，这些案件没有一起是司法系统主动发现原审判决事实不清、证据不足或发现新的证明被告人无罪的证据而主动纠正的。
　　死刑冤案成为社会焦点，出现于2005年。在这一年，多达近10起死刑冤案被媒体曝光，其中即包括聂树斌案这一疑案。司法机关也多次就冤错案件编发材料进行系统内学习。