《物权法》虽然对不动产登记有了初步的规定，但多为原则性的、指导性的规范，具体的可操作性不强。由于没有颁布专门的不动产登记法，有关不动产物权登记的规定主要散见于各项单行民事法律法规及一些司法解释。目前，我国不动产物权登记存在的问题主要有：

(一)不动产登记的法律规定不统一

目前不动产登记制度不但散乱而且内容多有矛盾，大量法律的内容仍然实际沿用计划经济的要求制定，便于行政管理，却无法促进不动产的交易。如：全国人大及其常委会制定的《中华人民共和国房地产管理法》、《中华人民共和国土地管理法》及国家土地管理局颁行的《土地登记规则》、《城镇国有土地使用权出让和转让暂行条例》等，政出多门，造成不动产登记管理混乱，给当事人带来了极大的不便。

(二)没有设立统一的不动产登记机关

在当前的不动产登记机构中，中央各部门和地方各部门都具有自己管理不动产登记的领域，体系庞杂，不动产物权变动，当事人要到多个部门登记才能完成。分散的登记机关使当事人及利害关系人查阅信息存在困难，各登记机关为了部门利益，要么争相登记，要么不愿登记，出现重形式轻审查的现象。

(三)未具体规定不动产登记错误的赔偿标准

我国目前的法律法规中缺乏关于因不动产登记机关的过错导致当事人的合法权益收到损害时的赔偿的具体规定，从而在实践中造成了不动产登记机关的权利和义务被割裂的畸形现象。登记机关对于登记有收费的权利，而且对收费有一套完善的标准。而对因登记错误而造成损失的赔偿问题却尚无一明确的标准，仅在《物权法》中笼统的规定了应该赔偿的原则。由于没有明确的标准，法院在审理时必然会有相当大的困难，各方当事人也很难就赔偿的标的额达成一致。这也使得不动产登记机关的缺乏责任感，难以及认真履行不动产登记的义务，进而影响了不动产登记的公信力。

(四)不动产登记的法律制度涵盖面不够宽

长期以来由于受计划经济的影响，有些不动产现在还尚未进入市场得以流通，更不用说归于不动产登记的范畴，如《中华人民共和国铁路法》规定的国家铁路、地方铁路、专用铁路、铁路专用线，《中华人民共和国电力法》规定的电网，还有管道、有线通讯网络等等，由于在计划经济时代拥有上述不动产的均为国家，上述产业也属于国家垄断企业所经营，不存在市场竞争和交易问题。然而在当前新的市场经济模式下，特别是加入WTO以后，我国许多原本属于国家专营的行业被迫向市场开放。这些领域内的不动产必然将有条件的进入市场，成为交易的对象，因此对这些不动产在市场经济条件下如何登记，由哪个部门登记，急需国家出台响应的法律法规对其规制。