2.农业法规不完善，综合执法难管控。我国现行农业领域的法律、法规，多在20世纪80年代和90年代初制定。这些法规制定时，我国正处在计划经济向有计划的商品经济体制转变的时期，因此出台的法规必然带有计划经济体制的色彩，有的法规已经不能适应当今市场化发展的需要。有的法规条款不完善。有的规定没有具体罚则，甚至法规之间存在明显冲突。如：《农药管理条例》中规定农药经营主体的七种对象不包括个体经营，而现实情况是，农药的零售主体是私营或者个体，生产和批发领域也基本属于私营企业或个体。而这些经营者资质认证由谁来负责，法规没有明确规定。另外对于收缴的假冒伪劣和过期农药如何处理，没有相应规定。又如：《肥料登记管理条例》仅对应当登记的肥料管理作出了规定，但对大量不需要登记的肥料如何管理，没有规定;再如：蔬菜种子品种繁多，却没有相关品种的质量控制标准;有关法规明文规定果桑茶苗木、食用菌种要纳入种子管理，却没有相应的质量控制标准。

涉农法规的缺陷给农业综合执法实践带来困难：比如执法部门对于收缴的假冒伪劣和过期农药因无法可依只能责令经销者退回，可是谁能保证这些退回的假冒伪劣和过期农药不再流入市场?有关蔬菜种子质量问题的投诉日益增多，而执法部门往往因为没有执法依据只能进行调解了事，这种毫无震慑力的处理，又怎能避免类似问题的重复出现?

3.准入制度缺位，监管压力大。农业科技的发展，使种子、农药、肥料等农资新产品开发周期越来越短，新品种越来越多，假冒伪劣产品也紧随流入;农资市场的放开，使农资经营主体结构越来越复杂，农资经营者的素质参差不齐，无专业技术条件的经营者众多，由于无知则无惧，假冒伪劣产品危及农业生产安全的风险越来越大。造成这种复杂局面的根本原因在于国家没有建立完善的农资市场准入制度。如现行的《肥料登记管理条例》对肥料经营者并没有规定专业技术条件的限制，使一些非专业经营者借机进入肥料经营市场。这些经营者没有能力保证其经营的肥料产品质量，也没有能力对农民消费者进行相关的技术服务和售后服务。又如，现行的法律法规对于种子、农药、肥料等农资产品没有进入市场前必须进行检验的强制性规定，使农资产品的源头无人把守，种子、农药、肥料等农资产品不分优劣都可进入市场。也正是没有建立完善的农资市场准入制度，农资市场的监管只能是事后监管，往往是已经造成了实际危害和损失再来善后处理。