尽管后来邓小平听从王震建议，指出撤销新疆生产建设兵团是错误的，而且鉴于新疆农垦事业面临的实际状况和兵团的特殊地位和作用，1981年12月3日，中共中央做出《关于恢复新疆生产建设兵团的决定》，但是，新疆生产建设兵团元气已大伤，损失无法挽回，时到今日，新疆生产建设兵团与新疆地方在经济发展等方面的差距越来越大。
　　总体来说，1949年后30余年，新疆民族关系相对融洽，暴恐事件较少发生。改革开放初期10年，新疆生产力得到解放，开放态势明显，新疆问题一度缓解。但苏联解体和东欧剧变后，民族宗教体制和政策的固化及双泛主义思潮的渗透泛滥，新疆问题有恶化发展的态势。
　　首先是民族宗教关系高于法律法制关系。在改革开放以前，阶级关系取代一切，民族和宗教问题暂时被遮蔽了，加之新疆实施高工资政策和利益分配较为公平，使得新疆问题相对缓和，呈现稳定祥泰的气象。改革开放时期，阶级斗争和阶级关系被经济建设取代，但未建构法律至上的机制和公民社会体制，事实上，在新疆民族宗教关系至高无上，大于法律法制关系，我们不是在缩小民族差异，而是在扩大民族差异，这是新疆最大的问题。同时，新疆伊斯兰教发生了巨变，据统计，新疆伊斯兰教清真寺由1979年的2000多座发展到现在的2.43万座(主要是上世纪80年代的迅猛增长)，教职人员由3000多人增加到2.8万多人。新疆穆斯林平均500多人拥有一座清真寺，而中东平均1200人，伊朗约1.1万人，埃及约为2500人。新疆初等教育学校及大中专院校近5000余所，新疆清真寺的数量是学校的5.3倍。新疆有2371个行政村，平均每个村拥有4座清真寺。特别是极端宗教思潮进入新疆对信教人士影响较大，不少人利用合法身份借宗教活动宣传和鼓动分裂思想，尤其是这几年，在国内外环境共同作用下，极端原教旨主义在新疆出现了一定程度的恶性发展。一些穆斯林连伊斯兰教最基本的五功(念功、礼功、斋功、课功、朝功)和六信(信安拉、信先知、信经典、信天使、信末日、信前定)的教义都不知道，更不知晓伊斯兰教的教规，只知道自己是穆斯林，和汉人不一样。
　　其次是民族政策出现了诸多的偏差和失误。在落实政策上，大力拉拢少数民族上层，如以前的贵族(农奴主、巴依)和他们的后代、宗教界的上层人士等，为共和国初期的反疆独斗争和一系列社会改革中的扩大化平反，却把一批拥护中央的少数民族积极分子打成极左分子。仅仅在宗教界，十一届三中全会以后就为1500人平反并恢复了教职。少数民族上层并未因落实政策对中央怀有感激之心，反而抱怨自己受到的迫害，甚至或明或暗的支持分裂势力。另外，十一届三中全会以后，对于共和国初期新疆违反民族宗教政策的汉族干部也进行了平反，例如1979年3月17日，中共中央宣布：1952年新疆省第二届党代会对王震同志和新疆分局的批判是不符合实际的，中央当时撤销王震同志的新疆分局书记、军区政委及财委主任，是不公正的。这种自相矛盾的政策既得罪了汉族干部，又得罪了少数民族干部，使双方的矛盾迅速激化。
　　到了1980年，新疆的区党委扩大会议都开不下去了。胡耀邦把他们找到北京开会，搞了个纪要，其倾向是压汉族干部、抬民族干部。这个纪要一传达，双方的矛盾更加激化。为了挽回纪要的不良影响，赵又让邓力群起草了一个复电，强调了一下汉族干部、解放军所起的作用，还讲到新疆党组织成立以后汉族干部所起的作用，强调民族干部和汉族干部要互相尊重、互相团结。这样就形成所谓民族干部要纪要，汉族干部要电报。使双方的对立进一步持续，新疆很长时间都没有安定下来。