满清王朝和民国政府治疆采用的方法基本上是胡萝卜加大棒，却未真正解决新疆根本问题。真正使新疆问题得到控制和改善是中国共产党及毛泽东：政治思想(阶级斗争)加铁腕。但改革开放之后，泛突厥主义思想的侵入和深化，加之伊斯兰原教旨主义及极端宗教思潮的渗透，让新疆问题变得更加复杂。
　　当代新疆问题生成缘由
　　人们不解和困惑，为什么近5年来新疆暴力恐怖事件频发？新疆为何突然间变得愈来愈不稳？其实，冰冻三尺非一日之寒，当代新疆问题生成可追溯到四十年前。
　　严格的说，在新疆问题上出现严重的失误始于改革开放前的1975年。当时，在中央及新疆高层部分人打着全面整顿的旗号，全盘否定建国以来的民族政策及方针，在新疆问题上犯了两个严重的失误。
　　一是撤销了新疆生产建设兵团。早在上世纪50年代初，驻疆人民解放军，在王震将军的领导下，响应毛泽东关于军队参加生产的号召，弘扬延安精神，开展大生产运动。1954年10月25日，新疆军区发布命令《公布成立新疆军区生产建设兵团组织机构及管辖部队番号》，全称为中国人民解放军新疆军区生产建设兵团，于同年11月1日正式运作。生产建设兵团成立后，新疆屯垦事业由原军垦农场开始逐渐转变为正规化国营农场，正式纳入国家经济计划；企业化生产代替原军队自给性生产。60年代，全国大批知识青年到来进一步促进了生产建设兵团的发展，农牧团场基本实现机械化、水利化、园林化，新疆现代工业基础主要由生产建设兵团缔造。然而，1975年3月25日，中共中央、中央军委却做出决定：撤销新疆生产建设兵团及各师建制，所属企事业单位全部移交地方管理。
　　二是几乎释放了全部民族分裂分子。1966年，文化大革命爆发，由托乎提库尔班、尼牙孜·乌买尔、司马义·依不拉音·哈斯木帕尔沙等建立了全疆范围内的分裂组织东突厥斯坦人民革命党，将组织名称改为与新疆三区革命时期的人民革命党同名，并将成立时间定为1960年11月12日，与历史上的新疆分裂政权(1933年东突厥斯坦伊斯兰共和国和1944年东突厥斯坦共和国均于11月12日建立)。1968年2月，正式建立全疆统一的集团组织，组成了以托乎提库尔班为主席的东突厥斯坦人民革命党中央委员会，及由若干委员和候补委员组成的东突厥斯坦人民革命党中央主席团。1969年8月20日，暴乱发生，其中喀什地区麦盖提县的暴乱分子抢劫了县民兵武器库，当地公安及武警分别予以围歼，并缴获了一批枪支弹药及其他凶器，阿洪诺夫等10名暴乱分子被击毙，其余均被俘获。这是一起新中国成立以来发生在新疆的规模最大的有组织、有纲领、有计划、有行动的分裂集团案件，据统计涉案人员达5000余人。在获取充分、确凿的证据的条件下，然而，1975年8月自治区革委会却对东突厥斯坦人民革命党分裂集团案处理重新做了认定：除在暴乱中被击毙和做其他处理的要犯387人外，其余1165人均不定为该党成员，而以犯有政治错误作为结论；对部分罪恶轻、认罪服法的服刑人员也分别做了减刑或提前释放处理。
　　撤销新疆生产建设兵团使中央失去了一支最有效的震慑疆独的力量，几乎释放了全部民族分裂分子更是使新中国成立以来反疆独斗争的成果丧失殆尽。在当时的政治形势下，疆独分子不可能掀起大的分裂活动，但是一旦政治情势发生变化，大的分裂活动就很难避免了。