因此，解决畜禽养殖污染问题的关键在于要让畜禽粪便等废弃物发挥其作为植物养分和土壤有机质来源的作用，这就要从赋予有机肥“政策身份”入手。为此，条例第二十九条规定“从事利用畜禽养殖废弃物进行有机肥产品生产经营等畜禽养殖废弃物综合利用活动的，享受国家规定的相关税收优惠政策。”第三十条规定“购买使用有机肥产品的，享受不低于国家关于化肥的使用补贴等优惠政策”，这为有机肥更广泛的应用奠定了制度基础，也是我国首次在法律层面赋予有机肥不低于化肥的政策身份，有利于促使利用畜禽粪便生产有机肥成为一种有利可图的活动，从而引导更多的社会力量从事畜禽粪便等废弃物的综合利用，促进畜禽粪便等废弃物综合利用的产业化，从根本上解决畜禽粪便资源浪费导致的污染问题。

此外，考虑到畜禽粪便制造的有机肥价值低，过长距离的运输会提高施用成本，得不偿失。为此，条例第十六条明确规定国家支持畜禽粪便等废弃物就地就近还田利用，确定了畜禽养殖废弃物利用模式的基本原则。

将加强环境监管作为推动畜禽养殖业转型升级、促进畜禽养殖废弃物综合利用的重要手段

目前，按主要污染物产生量来折算，我国的畜禽养殖量约为14亿头生猪当量。按照目前18亿亩耕地(除此之外还有大量的林地、草地等可以消纳利用畜禽粪便的土地空间)、每亩地消纳3头生猪的粪便来计算(这也是欧洲一些国家所采用种养平衡的标准)，我国畜禽养殖业发展还有相当大的环境空间。但长期以来，我国环境管理侧重于城市和工业领域，农村和农业领域基本是个空白。由于监管不到位，畜禽粪便等废弃物的管理和处理没有得到足够的重视，环境基础设施配备不到位、不达标、管理水平低等问题还比较普遍，泄漏、甚至是直接排放的现象在一些地区屡见不鲜，大量畜禽粪便等废弃物不能得到有效的无害化处理和利用，产生了污染。

为此，条例做出了一系列旨在通过加强畜禽养殖业环境监管、保障废弃物得以有效处理并利用的规定。如第十三条规定畜禽养殖场和小区应当建设与其产能相适应的粪污贮存设施，沼气、堆肥等废弃物无害化及综合利用设施;不自行建设无害化和综合利用设施的，可以委托他人对废弃物进行无害化处理和综合利用。需要说明的是，本条规定了养殖场和小区污染防治的基本义务，即要配备污染防治设施，自行或委托他人对废弃物进行无害化处理和综合利用。换句话说，就是要求畜禽养殖场和小区在所产生废弃物不能被利用的情况下，要有基本的设施和措施保证粪便、污水不外排、外泄造成污染。这不仅是养殖场和小区的基本环保义务，也是实现废弃物综合利用的基本条件。