(二)内部控制的执行与监督不力

有的行政事业单位虽然意识到了内部控制的重要性，也制定了内部控制制度，但仅仅只是停留在纸上而不执行落实，控制措施和奖罚也没有被严格执行，形成有章不循，违章不究现象，当遇到问题时强调灵活性，使内部控制形同虚设，未能发挥有效作用来制约违章行为的发生，将已订立的内部控制制度以应付审计，检查，而不管内部控制的执行情况，从而失去了应有的刚性和严肃性。

(三)会计核算制度及其流程不规范不合理

有的行政事业单位的会计核算制度及流程长期以来存在不规范不合理，并且一直未得到有效解决。例如，在原始凭证的审核上，审核还不够严格和规范，对那些摘要不够详细，发票内容笼统等不符合开发票要素的原始凭证不加以盘问及追究，使得这些在内容上填写不全的原始凭证照样可以发挥其作用。部分行政事业单位的财务部门只能起到“付款”的作用，对经济业务的来龙去脉，对单位事项的决策，实施过程和结果均不了解。　　(四)风险防范意识不强

行政事业单位职能是为社会提供管理和公益服务，涉及到经营活动少，所以不认为存在生产经营风险，但是，却没有意识到履行公共服务和社会管理的职能过程中，今面临各种政治风险和社会风险，单位很少对这些风险进行必要的研究和分析，也没有必要的风险措施应对。

(五)内部审计监督考核机制不到位

内部审计部门及人员在评价内部控制时的有效性，以及提出改进建议方面起到关键性的作用。但在实际工作中，由于内部审计的独立性，权威性的受限，在具体审计内容上对单位各部门执行制定的职能的效率评价涉及不多，在内部控制工作落实的过程中缺少必要的跟踪，监督与评价，无法对内部控制工作的不中与缺陷进行及时的发现，从而无法实行监督和管理，监督考核机制只能流于形式。

三、行政事业单位内部控制失效的主要原因

(一)相关人员对内部控制的意识较为淡薄

内部控制意识在整个内部控制过程中占有重要地位，是顺利开展内部控制的基础和保证，在实际工作中，由于控制意识较为淡薄，受传统思想影响，往往利用一些财务制度或相关的经济来代替内部控制制度。这种内部控制观念，严重影响了单位内部控制体系的建立，给单位的持续发展带来严重的阻碍。

(二)相关人员的业务水平不高，工作责任心不强

由于长期以来，无论是正规教育，还是继续教育，内部控制的内容没有提到重要位置，导致工作人员对内部控制知识掌握较少，而控制人员的专业技术水平，职业判断能力和责任心的高低，直接影响一个单位的内部控制的质量和水平，而工作人员也忽视新知识的学习和更新风险防范意识较弱，从而失去了内控的有效性。