(三)行政事业单位内部控制的原则

1、全面性原则

内部控制应贯穿决策、执行和监督全过程，覆盖单位及其所属单位的各种业务和事项。强调内部控制主体要覆盖所有的部门和单位，包括本级部门和二级单位，同时也包括所有部门和单位各层级的全体员工，内部控制的对象要覆盖各项业务和事项，包括部门预算管理，固定资产管理，政府采购业务，工程基建项目，专项资金管理和非税收管理等，避免内部控制存在盲区和空白，从而实现全面全员和全过程控制。

2、成本效益性原则

严密的内部控制制度，可以有效地防止错误的发生，但是建立内部控制制度需要付出一定的成本，内部控制组织设立岗位分工制度，会增加单位的成本费用，另外内部控制制度也可使管理工作复杂化，从而增加费用。行政事业单位在实行内部控制时，花费的成本要低于由此产生的收益，力争以最小的控制成本取得最大的经济效益，应找到成本与效益的制衡点，因此行政事业单位在完善自身的内部控制制度时，切不可不计代价地对内部控制制度进行完善，这是任何理性的管理活动都必须遵循的法则。

3、适应性原则

行政事业单位的内部控制应当与单位的规模、状况、业务范围和风险水平相适应，并应随着情况的变化及时加以调整，内控不能复制，也不能克隆，行政事业单位发展的不同阶段，外部不境的的变化，战略目标的调整等，内控也要随之调整，倒如：2011年初“三公经费”(出国境费、车辆购置及运行费，公务接待费)成为需重点关注的项目，因此，行政事业单位在将“三公经费”列入内部控制的重点管控对象。

4、重要性原则

行政事业单位应当在全面控制的基础上，关注重要业务事项和高风险领域，切实防范重大风险，强调政府在建立和实施内部控制应当突出重点，兼顾一般，着力防范对政府部门产生重大影响的风险，内部控制不能防范所有风险，但要关注重要业务事项和高风险领域，防范颠覆性风险。

二、行政事业单位内部控制存在的问题

(一)没有完善的内部控制制度

长期以来，我国行政事业单位对内部控制制度的作用普通认识不足，重视不够，有的是未建立内部控制制度，没有成文的内部控制制度;有的虽然有内部控制制度，但是并不全面，没有覆盖到单位的所有人员和多个业务环节。新《会计法》对强调建立风险控制系统，在每一个具体业务中的控制条款中都增加了有关防范风险的要求。然而还是普遍存在着一些问题，比如财产清查没有形成制度，清查期限，程序不明确，内部审计没有形成制度，忽视风险控制，造成巨大隐患甚至损失。