比如，要按规定进行单位资产清查、财务审计、资产评估，核实债权债务，界定和核实资产，还要注销事业单位法人，核销事业编制，进行国有资产产权登记和工商登记，并依法与在职职工签订劳动合同，建立或接续社保关系。

因此，为了实现平稳转制过度，有关方面给予从事生产经营活动事业单位的“转企改制”过渡期限较长，一般为5年。在5年的过渡期内，对从事生产经营活动事业单位的“转企”单位，还给予保留原有税收等优惠政策，原有正常事业费还会继续拨付。

实际上，在“转企改制”过程中，涉及利益变动的主要是转制前参加工作、转制后退休的人员，也即新一轮改革中所说的“中人”，对于这部分人员，基本养老金的计发和调整是按照国家有关规定执行，能确保离退休人员待遇水平平稳衔接。

多位专家告诉经济观察报，在除了事业单位的“转企改制”，对原来事业单位的一些编外人员如何安排也是一个问题。过去由于种种原因，导致许多事业单位存在着很大一部分编外人员。预计在此次相关事业单位的工资、社保改革中，人社部、中编办等方面预计将逐步缩小编外人员与编内人员的待遇差别，解决编外人员面临的多种问题。

另外，医院、高校等等差额拨款事业单位的养老保险缴费如何筹资、绩效如何考核，也是新一轮事业单位改革暴露出的矛盾。上述接近人社部专家表示，目前为止，相关部门还没有制定出较为合适的政策措施。

养老保险缴费的筹资无疑会带来资金压力。由于一些公立医院、高校等为职员缴纳的基本养老金和职业年金并不是来自财政，而是由单位“自筹”，加之近年来，政府切断了公立医院“以药补医”，对医疗卫生投资比例也大幅降低，因此实施养老保险并轨后，会给这部分公立医院、高校的带来较大的资金压力。

而在差额拨款事业单位绩效考核方面，2006年和2009年，人社部已经先后两次出台过相关事业单位的绩效考核制度，但从实施的效果来看，合理的考核标准并没有完全划定。