预算的科学性是行政事业单位内部控制的精髓，充分发挥预算控制在内部控制中的重要作用。预算控制主要包括编制、审批、下达、执行、分析评价预算编制与执行的差异等环节。重视部门预算，增强预算业务控制，首先，在部门预算编制环节，现行行政事业单位预算编制按照全面性原则，包括基本支出预算、项目支出预算、非税收入预算三个部分，采用“二上二下”的形式进行编制。基本支出预算按照单位的基础信息和核定的标准编制，保证单位的正常运转。项目支出预算根据单位发展规划和年度计划，结合财政部门预算安排和资金来源情况，科学论证项目，细化项目，提高项目预算编制的可执行性。非税收入是行政事业单位除财政资金之外的其他收入，为保证预算管理的全面性，非税收入应全部纳入预算;其次，在预算执行方面，根据单位的业务开展情况，在财政部门批复的预算额度内，合理安排支出进度。如单位由于业务发展确实需要变更支出用途的，需通过一定的程序向财政部门申请调整预算，严禁自行随意调整，真正做到有预算才有支出;再次，在决算管理方面，对预算执行情况进行分析评价，并作为下一年度预算安排的重要依据。

(4)建立内部审计机构，发挥外部监督机制

内外监督是《内部控制规范》(试行)的要素之一，也是内部控制得以贯彻执行的保障机制。在行政事业单位建立一个相对独立的内部审计机构，对内部控制的建立和实施情况进行内部监督检查和自我评价。首先，单位需要通过多渠道组织内审人员培训，提升其专业知识。不断强化内审人员的责任意识，充分发挥内部审计的效用，避免内部审计流于形式。其次，内审人员通过内部审计发现内部控制的缺陷和管理漏洞，并提出建议，帮助决策者提高内部管理水平。财政、审计、主管部门等外部监督机构应与内部审计机构相互结合，采取专项监督的形式，至少每年开展一次内部控制的专项检查，针对发现的问题提出建议，并督促单位进行整改。另外，行政事业单位可以外聘会计师事务所对单位的内部控制设计和运行的有效性进行评价。