为进一步提高行政事业单位内部管理水平，规范内部控制，加强廉政风险防控机制建设，财政部于2012年11月正式发布了《行政事业单位内部控制规范(试行)》(财会[2012年]21号)并于月1月1日起全面正式实施。事业单位内部控制体系涉及的范围相当广泛，包括基建、科研、后勤和物资采购等多项经济活动。另外，事业单位附属单位较多，经常性、非经常性经济活动众多，大部分资金由国家财政投入，内部控制尤为重要。其控制程度的好坏，直接影响到单位的正常运行、国有资产的管理，甚至影响到国民经济的健康运行。加强内控管理，可厉行勤俭节约，杜绝各种名义的铺张浪费，监督日常业务运行，促进内控工作的有效运行。
　　建立健全事业单位内部控制制度还是保护国有资产安全完整，防止贪污、舞弊行为发生的重要手段，也是强化事业单位内部管理，确保工作目标有效实现的重要措施。本文总结了事业单位内部控制普遍存在的问题，并结合实际工作提出相应对策，认为内部控制建设应围绕单位整体系统建设进行，相辅相成、相互促进。

我国现阶段事业单位内控存在的问题
　(一)内部控制停留在文字层面,内控意识薄弱
　　事业单位相对企业而言，对内部控制重视程度较低。虽然很多事业单位建立了一系列的内部控制制度,但由于历史原因和领导的重视程度不够,内部控制工作只停留在“纸上文章”和应付检查层面，未对执行和监管起到指导作用。甚至有些事业单位认为内控成本过高,造成单位办事手续繁琐,不利于运行效率提高，因而对内控的执行缺乏积极性。

(二)缺乏高水准内控管理人员
　　从整体来看，事业单位内控人员的素质偏低，尤其在一些基层单位，内控知识缺乏，或缺少相应的内控经验，内控人员难以胜任工作，不能有效的实现内部控制所预测的效果，导致内控执行时缺乏必要的力度，使内控失效。

(三)内控制度残缺，内控机构缺乏独立性
　　我国事业单位内部控制所规范的范围过于狭窄，导致制度成为摆设或者残缺的现象。此外，事业单位的内部控制机构不具备独立性，我国事业单位所设立的内部控制机构和其他部门之间的关系是平行的。从目前来看，出于对经济活动的监督、控制的需要，事业单位一般将这项工作交由会计部门或者纪检监察、审计部门负责。由于内部控制工作人员要受到单位的限制，因此也不具备独立性。