(四)重大事项的集体决策和审批制度执行不到位
　　事业单位一些重要事项范围和职责权限没有明确界定，决策方式和程序以及议事规则不规范不清晰，没有建立监督和责任追究机制。特别是在一些人员较少或较基层的事业单位，“家长制”作风严重，领导“一言堂”、“一支笔”审签。

　(五)日常业务运行与财务管理脱节，资产管理环节存在缺陷，不能及时为内控部门提供资产、资金的使用数据等第一手资料
　　目前，大多数事业单位的财务部门只起到“核算”和“付款”的作用，对本单位业务上重要事项的决策、实施过程参与较少，对相关业务的来龙去脉了解不多，导致单位财务和业务办理脱节，从而无法对业务部门实施必要的财务管理和有效的内部监督;会计核算不及时，无法及时反映资产变化，应入未入、该销未销，导致账物脱节、存量不清。例如，有的个别单位建造的楼房已使用多年，工程支出仍挂在“在建工程”和往来账户中。

(六)预算外资金监管不力，把预算外资金视同部门和单位的自有资金
　　由于事业单位对预算外资金认识上存在偏差，缺乏一套完整、规范、统一的资金的管理制度，只实行简单的收支两条线方式，在资金管理方面形成不了齐抓共管的合力，管理效果不明显。

(七)缺乏完善的内控有效性的评价体系和责任追究体系
　　目前，事业单位的内部控制自我评价并未引起重视，很多单位依据规定建立了必要的内部控制制度，并在一定程度上实施了内部控制，但这并不意味着它就在实际工作中发挥了其应有的作用。在内部控制执行过程中，对控制失效现象严重的情况也未建立责任追究制。

(八)内部控制信息化建设远滞后于需求
　　分析目前的状况，无法量化投入产出比，是制约信息化发展的最重要因素。与发达国家相比，我国在内控信息技术研发方面，从理论、方法、技术到产品都处于落后的状态。但有别于发达国家的是，我国的内控信息化建设有着更为强劲的需求。

完善内控建设，打造科学有效的内控管理平台
　(一)营造良好的内部控制环境，强化内部控制意识
　　营造一个良好的内部控制环境，首先要强化单位领导的内部控制意识，让单位的领导真是认识到内控在事业单位中的作用。单位领导对内控的重视程度直接决定控制环境的好坏。同时，还要将这一意识贯彻落实到全体员工的工作中，并与单位实际情况相结合，定期对职工进行培训。全体职工在管理层的引导下，应认真执行内部控制工作，同时对内控工作进行监督、反馈，以调动单位各个职能部门和全体员工承担内部控制责任的意识。