管办合一体制与计划经济时期的基本制度安排是契合的，在我国经济实力和国家财政能力十分薄弱的情况下，为城镇居民提供了普遍有保障的公共服务，对于确保公共服务供给的统一性与协调性，发挥了不可替代的作用。但是，随着社会经济的快速发展，人们对公共服务需求在短时期快速高涨，这种管办合一体制阻碍了公共服务事业的发展和效率改进，无法回应公民日益增长的公共服务需求。管办合一体制的弊端主要表现为以下方面。

　　1.公共服务供给效率低下

　　首先，事业单位缺少改进管理的内在动力。在管办合一体制下，政府部门与事业单位具有直接的行政隶属关系，两者之间形成了紧密的庇护依赖关系。政府部门在制定政策时，首先要考虑政策执行的可行性，通过降低政策目标来达到政策实效，这就直接影响到政策的质量。而事业单位长期以来根据主管部门行政指令运行，缺乏独立自主意识，缺乏创新性，缺乏改善管理、提高效率的内在动力。[2]

　　其次，公共服务供给高度垄断。在管办合一体制下，政府部门及其下属的事业单位在公共服务供给中处于垄断地位，排斥了私营企业及其他社会主体的竞争和参与。政府机构及其工作人员习惯于采用垄断的方式供给公共服务。[3]政府的垄断性遏制了竞争，而竞争对于激发人的内在潜力、提高效率具有重要意义。正如斯蒂格利茨认为:公共部门里竞争的缺乏会削弱人们的积极性。[4]政府供给的垄断性使事业单位失去了竞争所形成的外部压力。

　　再次，无产权约束和成本意识。对于产权明晰的企业而言，成本与收入是紧密联系在一起的，企业要根据可能的收入决定成本的投入。而政府部门花费的是纳税人的钱，政府管理成本与收入是分离的，缺乏降低成本的动力。由于不把进行一项活动的成本与维持它的收入联系在一起,那么低效率往往受到激励。[5]政府缺少成本意识可导致两方面的问题：一是当政府产出是给定的时，政府可能使用较多的资源，造成资源浪费;二是政府不顾社会需求不断扩大供给，导致政府产出超出或不符合社会需求，浪费社会的资源。

　　2.难以实施客观公正的监管

　　政府利益与公共利益之间存在一定程度的偏离。从理论上分析，政府是被人民委托授权的公共管理机构，按照法律赋予的职权行使行政管理各项职能。政府作为人民权力的代理人，其利益取向与公共利益并不总是重合一致的。政治发展的经验事实也证明,政府并非一个天然地追求公共利益的组织,而是存在着政府利益。在一定的政策环境和制度格局下，政府利益的实现会从可能转化为现实。