专业学科学校现有67个本科专业(22个高职专科专业)，其中国家级特色专业6个、省级特色专业7个、省级重点建设专业8个。有省部级重点学科25个，一级学科博士后科研流动站1个，一级学科博士学位授权点3个，二级学科博士学位授权点11个，一级学科硕士学位授权点12个，二级学科硕士学位授权点56个。有农业推广硕士、兽医硕士、工程硕士、翻译硕士、体育硕士、风景园林硕士6个专业学位类别，其中，农业推广硕士13个领域，工程硕士、体育硕士均为3个领域。有在职人员申请硕士学位审批权和外国留学生招生权。

现有国家农科专业基础实验教学示范中心、农业生物多样性应用技术国家工程研究中心、省部共建国家重点实验室、国家级新农村发展研究院和中国—东盟教育培训中心等国家级教学、科研和社会服务中心5个;普洱茶学教育部重点实验室、生物多样性与云南特色农业协同创新中心等31个省部级科研平台;云南省高校作物种质创新及可持续利用重点实验室等12个云南省高校重点实验室和研究中心;云南省生物多样性和生物技术创新人才培养基地、云南省环境科学与工程创新人才培养基地各1个;学校还建有24个校级研究所(中心)、校内实验农场和实习工厂及60多个校外实践教学基地。

人才培养学校始终从云南省经济社会发展需要的实际出发，开学养正，育人为本，因材施教，呕心培育边疆民族人才。办学初期，农业教育家汤惠荪、农学家张海秋、育种学家诸宝楚、植物病理学家段永嘉、烟草学家徐天骝、生物统计学家昝维廉、园艺学家蔡克华等为代表的一批学术先贤开创了边疆农大办学基业，办学七十多年来，为社会培养了10万余名具有“科学情操、大地情怀、农民情结”专业人才。先后涌现出水稻育种家邓友成、烟草育种专家李永平、全国“五·一”劳动奖章获得者崔秀明、“感动中国畜牧兽医科技推广功勋人物”畜牧专家马崇文、“全国杰出创业女性”李海燕等为代表的一批农业专业人才。云南省农业高级技术人员、农业技术推广站(所)负责人、县乡主管农业的领导80%以上是我校毕业生，其中少数民族毕业生占30%以上，他们既熟悉少数民族文化、又掌握现代农业科技和管理知识，扎根边疆民族地区孜孜以求，勤奋工作，为增进民族团结、边疆稳定，促进边疆民族地区社会经济发展做出了重要贡献。