与组织内知识管理相比，组织间知识管理要困难得多。一方面，不同组织的性质、文化、办事流程有很强的异质性。大学和企业之间是很典型的组织间合作，但大学和企业的性质、功能、目标都不一样。大学是为了学术成就2P(即Paper和Patent)，企业是为了商业效益2P(即Product和 Profit)。它们是不同文化、不同类型的组织在合作，知识整合殊为不易。

　　另一方面，组织间知识管理要求各组织对自己的知识进行有效编码，并积极开放和分享。开放的知识让竞争对手的复制和模仿变得更为容易。在进行组织间知识管理的过程中，组织需要平衡好知识的开放和保密。

　　研究表明，如果企业进行的是大规模产品的创新，那么经过编码化的知识更容易被竞争对手复制;而复杂产品系统所蕴涵的知识有其特殊的专有性，有限的知识泄漏对竞争对手而言用处不大。因此，复杂产品的创新活动是组织间知识管理的重要舞台。

　　某系统集成商在开发复杂的城市轨道综合监控系统时，就充分利用了组织间知识管理来推动复杂产品的创新。首先，通过组织间知识管理促进知识的创造。创新网络中各个组织共同参与项目的设计、开发与决策。这样往往会产生关于项目开发的独特见解，包括模块设计、界面接口的建议等。然后，通过组织间知识管理来推动知识在创新网络中的共享和转移。通过创新网络成员间的密切互动，包括相互提出建议、要求和协助，共享各自的技术知识;通过面对面的沟通、中央信息库的共享、技术联络会议等，在创新网络中促进知识共享氛围的形成。最后，通过组织间知识管理对知识进行整合与应用。在组织间知识管理的支持下，该系统集成商在城市轨道交通监控系统领域打破了国外产品垄断，带来了许多后续合同订单。