整合城乡居民医保制度具有十分重要的意义，是对现行城乡二元体制的一次实质性突破，标志着迈开了城镇居民医保制度、城镇职工医保制度和新型农村合作医疗制度“三保合一”的第一步，也是重要的一步。整合城乡居民医保制度主要有三大优点。首先是资源的整合。目前，城镇居民医保和新农合在具体的经办业务上具有较高的重叠率，城镇居民医保和新农合分设，实际上是重复建设，浪费了部分资源。通过整合医保管理机构、经办机构、经办人员、办公资源和相关信息，有助于降低管理和经办成本，促进城乡居民医保制度的服务效率。其次，是经验的整合。由于城镇居民医保和新农合分设在两个部门，平时的工作交集不多，缺乏相关经验的相互借鉴和交流。城乡居民医保整合之后，随着管理机构和经办机构的合并，打破了壁垒，降低了相互交流的成本，有助于相互取长补短。第三，有助于降低看病难度。目前，大部分地区的城镇居民医保可以实现在市级以内的定点医疗机构或药房直接报销，而新农合的直报范围大多数局限在县级以内的定点医疗机构(新农合基本上不能在药房报销)，前者的直报范围显然比后者大。因此，整合城乡居民医保制度，有利于群众——尤其是农民在更大范围内报销。

尽管整合城乡居民医保制度存在以上三大优点，但是在实施过程中也存在一些问题。首先，筹资问题。由于城镇职工的医保基本上是采取自动筹资，多数在工资发放之前就提前划转了，而城镇居民医保和新农合的筹资则还需要基层组织负责筹集，因此，一旦城乡居民医保合并，农民筹资进度将有可能会拖延，也不利于医保惠民目标的实现。针对新农合筹资成本高、时间比较长的问题，部分地区在试点农民自动缴费模式，但以目前农民的意识、能力和处境等方面看，实行农民自动缴费的筹资模式还不具备普遍的适用性，没有了基层组织的动员，农民的参合水平将大大降低。在实际工作中必须警惕因为整合城乡医保而导致农民参合率的下降。

第二，补偿问题。目前，城镇职工医保、城镇居民医保和新农合的补偿方案各不相同，而且由于城市反哺农村，各级政府都比较侧重于对农民进行补偿，降低农民负担，因此新农合的补偿水平往往最具优势。同样的疾病却不能享受同样的补偿政策(补偿政策的差异化)，这种整合在短期内可能会面临质疑的声音。如何保证城乡医保并轨的同时，坚持对农民的补贴力度，也是政策需要充分考虑的。

第三，监管问题。目前，城镇居民医保的监管主要是由社保部门集中监管，而新农合则主要是由卫生行政部门相对分散监管。从服务群众的特点和医疗机构的分布特征来看，农村比较适合分散监管，而城镇则比较适合集中监管。一旦城乡居民医保合并以后，如何兼顾城乡自然差别，对于新的医保监管机构将是一个大的考验。从目前中西部地区县乡财政的状况，以及从医保监管机构的人员素质等基础条件来看，信息化建设还需要很长一段时间，合并后医保监管问题不可小觑。