医学院持续推动教育教学改革，不断加强以基地建设与临床优势为依托，以转化医学理念为内涵的“卓越医学教育体系”建设。

医学院包含23个学院（系），13所附属医院。覆盖生物学、基础医学、临床医学、口腔医学等8个一级学科博士学位授权点、4个一级学科博士后流动站。有临床医学八年制（授予博士学位）、临床医学八年制（口腔医学方向，授予博士学位）和7个本科专业（临床医学、口腔医学、生物医学科学、预防医学、医学检验学、护理学、营养学）。其中，临床医学、口腔医学、医学检验学、护理学为国家特色专业；临床医学八年制（法文班）、临床医学八年制（4+4硕博班）、临床医学五年制（儿科学方向）、临床医学五年制（英语班）是学院的特色班级。目前学院有在校生7486名，其中本科及长学制学生2655名，研究生4566名，留学生265名。

2010年起，医学院率先探索和实践临床医学专业“5+3”及“5+3+X”改革，深度参与上海市住院医师规范化培训工作，积极推进住院医师规范化培训与临床医学硕士专业学位教育有效衔接，并试点开展与专科医师规范化培训相结合的临床医学博士专业学位研究生的培养工作。2015年，新招录住院医师945名，占全市招录总数的35%；新招录专科医师439名，占全市招录总数的50%。

作为第一批试点高校，医学院全面实施“市属高校本科教学教师激励计划”，并按照“团队牵引、首席负责、全程激励、制度保障”的工作原则，在院本部组建了34个教育教学团队，医学教育质量得到进一步提升。

作为国家级临床技能实验示范中心学科组长单位及国家级虚拟仿真实验教学中心，医学院具有临床模拟功能齐备、师资团队雄厚、医疗资源丰富、操作平台先进的基地优势，并通过器官系统整合式课程、临床技能操作、客观化临床考试等全面提升医学生临床技能和创新意识。2012年入选教育部第一批卓越医生教育培养计划项目试点高校，并担任上海市卓越医学教育计划专家组组长单位。现拥有国家级教学团队1个，国家级教学名师2人，上海市教学团队5个，上海市教学名师8人，“上海市海外名师”2人。国家级大学生校外实践基地3个。图书总藏量达58.5万册，覆盖医学各学科，为国内重点收藏单位，也是全国法文医学特藏中心。