恢复三总部领导体制
中央军委根据1957年1月扩大会议《关于裁减军队数量加强质量的决定》，和八总部体制在执行中暴露的缺点，决定对总部机关作较大的调整和裁减。从1957年5月至1958年12月，先后撤销了总财务部、总军械部、总干部部、武装力量监察部和训练总监部。将训练、军械、军事监察工作划归总参谋部管理；干部、政治监察工作划归总政治部管理；财务、后勤监察工作划归总后方勤务部管理。解放军领导机关恢复了总参谋部、总政治部、总后方勤务部的三总部体制。
调整后的总参谋部下设作战、情报、第三、警备、军事训练、学校管理、军务、装备计划、动员、军事交通、军械、出版、行政经济管理等部和政治部以及机要局、测绘局。主要负责贯彻执行中共中央、中央军委关于国防、军队建设和作战的方针、原则、组织领导武装力量建设和实施作战指挥。平时做好战争准备，战时组织指挥各军区、军兵种的作战行动。
总政治部下设组织、干部、宣传、保卫、联络、群众工作等6个部和秘书长。主要负责管理军队中党的工作和政治工作，保证中国共产党对军队的绝对领导，保证党的路线、方针、政策在军队贯彻执行，保证军队各项任务的完成。
总后勤部下设司令部、政治部和军事训练、军需、卫生、军需生产管理、营房管理、油料、财务、汽车拖拉机管理等8个业务部。主要任务是，根据中共中央、国务院和中央军委关于国防和军队建设的方针、政策、法令、指示，依靠国家提供的财力、物力，计划和管理军队后勤建设，组织全军平时和战时的后勤保障工作。
三总部领导体制的重新确立，有利于加强军队的统一指挥和对现代化、正规化建设的领导，同时也减少了基层工作的忙乱现象。
总后勤部精简（1969年）
1969年军委办事组批准了总参谋部、总后勤部和大军区机关精简整编方案。在整编中，原总后勤部机关连同改隶总后勤部的原总参谋部装备计划部、军事交通部共13个二级部1个局，合并调整为司令部、政治部、供应部、卫生部、装备部、军事运输部、企业部、营房部和管理局，共8部1局。各军区、军兵种和部队的后勤机关也做了相应的变动。这次精简整编缺乏科学论证，在国家经济体制和各级后勤的职能、管理手段没有发生大的变化的情况下，轻率地改变了上世纪50年代军队正规化建设以来后勤工作的分工和管理方法，对后勤机关简单地实行大砍大并。新设置的供应部门包括了财务、军需、物资、油料等性质不同的业务，工作庞杂，任务过重，很不适应各项业务发展的需要。


1972年总部机关编制调整
文化大革命期间，解放军三总部机关撤并了装备、动员、联络、财务和军需等职能部门，变更了综合、计划、供应、军工和科研等管理体制，不少综合工作和专业工作被取消。与此同时，由于动乱的形势所迫，接收了国家机关和国防工业等部门的数十万人。1971年10月，叶剑英主持军委工作以后，着手整顿军队组织机构。从1972年开始，相继将国家安全、邮电、气象、测绘、国防科研、国防工业、民用航空、海洋和文体等部门，重新划归政府系统。
1975至1977年三总部编制体制调整