建立军事检察院
1954年9月1日，中华人民共和国第一届全国人民代表大会第一次会议制定并通过的《中华人民共和国宪法》、《中华人民共和国人民检察院组织法》，规定设置专门的人民检察院。1954年9月25日，全国人大常委会第13次会议任命黄火星同志为最高人民检察院副检察长兼军事检察院检察长，开始了军事检察体系的筹建工作。1956年上半年，全军军事检察院基本建立起来。根据中央军委1956年2月颁布的临时编制，军事检察院共分为四级。最高一级军事检察院称最高人民检察院军事检察院，下属的检察机关分为三级，即大军区（军兵种）军事检察院、军（省军区）军事检察院、步兵师（军分区）军事检察院。
军队保、检、法合署办公
1961年1月16日，总政治部发出《关于保卫、军检、军法三个部门合署办公的通知》。军队保、检、法三部门仿照中央公安部、最高人民法院、最高人民检察院，各缩编为一个办公室，由保卫部门统管，对外仍保留三个部门的名义。工作中出现了一长代三长、一员代三员的做法。这实际上是从组织上取消了军事法院、军事检察院。
恢复军事检察院
1962年1月中央工作会议后，民主与法制建设得到一定程度的加强。1962年5月24日，国防部颁发了《各大军区机关基本组织体制编制系统表》，将军事检察院从保卫部门分出，单独列编。同年9月3日，保卫、检察、审判3个部门正式分署办公。至1964年12月，全军检察机关基本恢复起来。设置情况是：各大军区、海军、空军、公安部队、军区空军、海军舰队，省军区、野战军和军级（兵团）基地、要塞区、警备（卫戍）区、空军、海军基地及边防军分区设置军事检察院。这样，军事检察机关是陆军是二级，在海军、空军、边防部队是四级。1965年2月，最高人民检察院军事检察院改称中国人民解放军军事检察院。
恢复军事法院
1962年5月24日，国防部颁发了《各大军区机关基本组织体制编制系统表》，将军事法院从保卫部门分出，单独列编。同年9月3日，保卫、检察、审判3个部门正式分署办公。中央军委任命谭甫仁为最高人民法院军事审判庭庭长。至1964年底，全军军事审判机关基本恢复。1965年5月，最高人民法院军事审判庭改称中国人民解放军军事法院。军事法院的设置情况是：中国人民解放军军事法院，各大军区、海军、空军、公安部队军事法院，军区空军、海军舰队军事法院，省军区、野战军和军级（兵团级）基地、要塞区、警备（卫戍）区和空军、海军基地及边防军分区军事法院。
撤销军事法院
1966年开始的文化大革命，使军事审判工作遭到严重破坏。1968年11月，解放军军事法院被军管。1969年底，解放军军事法院和全军各级军事法院先后被撤销。军事法院的职权，由保卫部门以军事法院的名义行使。军事法院的撤销，给军队的法制建设，以至整个部队建设都带来了严重的后果。
撤销军事检察院
1966年开始的文化大革命，给军事检察工作带来严重灾难。1966年下半年到1969年，各级军事检察机关已处于运动之中而名存实亡。1969年底，全军各级军事检察机关被撤销，其职权由保卫部门行使。军队的法制建设遭到严重破坏，导致了数以万计的冤假错案，给部队建设带来了灾难性后果。