加强科研机构建设，广泛开展多渠道、多层次的科研活动。学校为国家中医临床研究基地、科技部国际科技合作基地、国家中医药管理局中医药国际合作基地、世界针灸学会联合会教育基地，有河南省高校中药材开发工程技术研究中心、河南省中医药与经济社会发展研究中心及艾滋病研究所、肝病研究所、老年医学研究所、儿科研究所、中药研究所、中医基础理论与应用研究所、糖尿病研究所、针灸研究所、肿瘤研究所、心血管疾病研究所等研究机构，其中，中医药治疗艾滋病方面、呼吸性疾病的研究国内领先，承担了“十五”国家科技攻关项目、国家973计划重点支持项目多项。近5年来共承担科研项目429项，其中“十五”国家科技攻关计划、“十一五”国家科技支撑计划、国家重点基础研究发展计划（“973”计划）、中国高技术研究发展计划（“863”计划）、科技部国际科技合作项目、国家自然科学基金等国家级课题37项，教育部新世纪优秀人才支持计划、河南省重大科技攻关、河南省杰出人才创新基金等省部级重大项目58项；累计纵向科研经费6570万元；获河南省科技进步奖、中华中医药学会科学技术奖、中国中西医结合学会科学技术奖等省部级科研奖励48项，河南省发展研究奖等人文社科奖10项；获得专利41项；发表学术论文5405篇，其中核心期刊论文1194篇，被SCI、EI、ISTP收录43篇、MEDLINE收录66篇、CSCD收录611篇；出版学术专著（译著）、教材471部。科研处被评为全国中医药科技管理工作先进集体。

学校主办有《河南中医》和《中医学报》两种学术期刊，国内外公开发行；《河南中医》为省级期刊，先后被评为全国中医药优秀期刊、全国高校优秀科技期刊和河南省优秀科技期刊；《中医学报》为国家级杂志，曾获教育部“首届中国高校特色科技期刊”奖，2009年11月，该刊再次被科技部中国科学技术信息研究所评为中国科技核心期刊、中国科技论文统计源期刊。2009年2月，“两刊”双双被评为河南省一级期刊，其中学报同时被评为河南省第一届自然科学“二十佳期刊”。

积极开展国际间交流与合作，大力发展海外留学生教育。我校为教育部批准招收外国留学生和港澳台学生单位，至今已有20余个国家和地区的学生和医药技术人员来我校学习。我校与美国哈佛大学医学院、日本金泽大学药学部、浜松医科大学、东京国立感染症研究中心、韩国大邱韩医大学、东义科学大学、加拿大安省中医学院、新西兰东方医学院、巴西若茵维莱大学、意大利东方大学等20多个海外教育、科研、医疗机构开展了多方位的技术合作。