学校科学研究取得重大进展，服务社会能力显著增强。近五年，学校承担包括国家973计划、国家863计划、国家科技支撑计划、国家自然科学基金、国家社会科学基金等在内的科研项目共2352项，其中国家级项目227项、省部级项目493项；科研经费总额达4.27亿元；获得各级各类科技奖励78项，其中国家级二等奖1项，省部级一等奖3项，省部级二、三等奖20项。“大宗低值蛋白资源生产富含呈味肽的呈味基料及调味品共性关键技术”项目获2009年度国家科学技术进步奖二等奖，“附壳造型珍珠和优质海水珍珠养殖及加工技术的研究与应用”项目获2011年度广东省科学技术奖一等奖，“日本囊对虾和斑节对虾地膜覆沙池健康养殖技术研究及示范推广”项目获2009年度海南省科学技术奖一等奖，“增强幼虾抗逆性和抗病能力的生物调控虾苗培育技术”项目获2012年度广东省科学技术奖三等奖，“马氏珠母贝夜荧光珍珠培育技术”项目获2013年度国家海洋局科学技术奖二等奖，“生物调控虾池水质环境的对虾生态养殖技术”、“几种蛋白质资源高值化利用的发酵技术研究与利用”2项目均获2013年度广东省科学技术奖三等奖。对虾种苗繁育及养殖、海水名贵鱼类的种苗繁育及养殖、海水鱼类病害防治、珍珠贝的养殖及育珠、水产品加工及贮藏、杂交水稻育种、区域海洋学等领域的研究达到了国内先进水平。科技成果的广泛推广应用，有力地推动了我国南方海洋水产业的蓬勃发展，取得了巨大的经济和社会效益。2013年，学校作为主要技术依托单位，协助湛江市政府成功申请湛江特色水海产业国家农业科技园。在学校技术力量的支持下，目前仅湛江地区的海水珍珠产量就占全国的三分之二，对虾的种苗产量、养殖面积、养殖产量、饲料产量、加工规模、出口量和交易量等七个方面均为全国第一，为湛江打造“南方海谷”作出了重要的贡献。在中国海洋经济博览会广东海洋大学展馆展示了学校服务国家海洋事业的系列重大科技成果，得到广东省省长朱小丹等领导的点赞。

学校广泛开展对外交流与合作，先后与美国、日本、英国、澳大利亚等国家以及香港、台湾等地区30多所高校、研究机构建立了良好的学术交流和合作关系；与全国多个企事业单位、政府部门和部队单位进行广泛的人才培养和科学研究合作。

海洋是潜力巨大的资源宝库，是支撑未来发展的战略空间。开发海洋，科教领航。目前，学校正全力贯彻落实党的十八大提出的“推动高等教育内涵式发展”、“建设海洋强国”的战略部署，紧紧抓住国家将重点研究开发南海、广东全面实施国务院批准的《广东海洋经济综合开发试验区发展规划》的重大机遇，坚持以改革创新为主线，以提高质量为核心，全面实施学校建设特色鲜明高水平海洋大学规划纲要、“创新强校工程”和“三大行动计划”（“质量30条”行动计划、“协同创新”行动计划、“南海战略”行动计划），为把学校建设成为海洋和水产特色鲜明的高水平海洋大学而努力奋斗