对国家机关的财政违法行为重在处理和对责任人员的处分，可给予单位警告、通报批评的行政处罚，一般不罚款(但不是一律不罚款，对违反票据管理规定和私存私放公款的行为就规定了罚款的处罚)。《处罚处分条例》中规定的对责任人员的行政处分大致分为三个档次：一般情况下，给予警告、记过或者记大过;情节较重的，给予降级或者撤职;情节严重的，给予开除处分。对非公务员的处分，《条例》第三十四条规定“参照本条例有关规定执行”。

此外，对事业单位、社会团体，《处罚处分条例》以其行为是否具有经营性质为标准进行划分：无经营活动的事业单位、社会团体及其他组织有财政违法行为的，依照有关国家机关的规定执行;有经营活动的事业单位、社会团体及其他经济组织在经营活动中有财政违法行为的，按照有关企业的规定执行。

删除的内容

《处罚处分条例》删除了原《处罚规定》中关于对国有企业不上交利润、挪用生产性资金用于非生产性支出、扩大开支标准等行为的处罚规定。以后国有企业出现这些问题，如果国有企业国有资产管理等方面的法规有规定，则从其规定。此外《处罚处分条例》还删除了“从重处罚”、“从轻处罚”等规定，这些问题按照《行政处罚法》的规定执行。涉及行政复议、行政诉讼的问题，按《行政复议法》、《行政诉讼法》的规定执行。涉及个人对处分的申诉问题，按照《行政监察法》等规定执行。涉及处理、处罚、处分的程序问题，按照《行政处罚法》、《行政监察法》等法律、行政法规的规定执行。有些不太准确的用词(如“挤占”、“复查”)也予以删除。原《处罚规定》列举的处理、处罚、处分的种类，由于在理解上存在歧义，所以《条例》不再列举，而是直接适用。