1999年5月23日，中国一艘渔船在黄岩岛遭菲军舰追击并被撞沉，导致11名渔民落水。据报道，菲海军在追赶渔船时，曾使用机枪扫射。中国外交部发言人就此向菲提出严正抗议和交涉。1999年6月，菲律宾教育部在新版地图中将黄岩岛，连同整个南沙群岛列入版图。8月，菲政府把“南沙群岛是菲律宾领土”列为修宪的内容，试图以法律的形式进行领土扩张。

2000年1月6日，菲海军又在黄岩岛公然驱逐中国正常作业的六艘渔船。1997年以来，菲海军在黄岩岛抓捕好几批中国渔民，都以“非法入境”、“非法捕捞”等莫须有的罪名将他们移交司法机关处理。2000年5月28日，菲海军开枪射杀一名中国渔船船长。

2001年5月底、6月初，中国大陆在西沙群岛进行军事演习，禁止船只进入西沙附近海域。越南就此演习表示抗议，并重申其对南海西沙与南沙群岛之主权。2001年9月，《詹氏国防周刊》报道中国大陆新建20至24艘海军巡逻舰只，主要负责执行包括南沙群岛附近海域的巡护任务。为了避免引起扩充南海军事存在的指控，这批新建造的巡逻船将交由海关部门使用，但船上人员系属人民解放军海军的官兵。

2009年1月28日，菲律宾参议院三读(即最后一读)通过了2699号法案，即“制定菲律宾领海基线的法案”，该法案将中国所有的两处岛屿划为菲律宾所属岛屿。2009年2月18日，中华人民共和国外交部就菲律宾国会通过“领海基线法案”发表声明。国防部新闻发言人耿雁生就中国海军针对南海问题的态度作出了回应称中国军队将密切配合渔政、海监等部门共同维护国家的海洋权益。

2009年3月10日菲律宾总统阿罗约不顾中国的反对，正式签署“领海基线法”，将中国的南沙部分岛礁和黄岩岛划入菲领土。中国驻菲大使馆11日对此表示强烈反对和严正抗议。接下来，这一法案将被提交联合国审议。