1992年，菲律宾前国家安全顾问戈勒斯声称黄岩岛是菲律宾国土，挑起争端。从1993年起，菲律宾对该岛进行勘测、考察和巡逻。50年代初，驻菲苏比克湾的美国军队无视中国主权，擅自将黄岩岛开辟成为靶场。1977年10月、1978年6月，中国科学院南海海洋研究所的科研队还登上岛进行考察活动。

1997年开始，菲方多次出动军舰和军用飞机在黄岩岛及其附近海域对民间组织的无线电探险活动进行跟踪、监视和干扰。4月30日，菲国两位众议员公然搭乘海军舰艇登上黄岩岛，他们在岛上竖旗立碑，并对中方人员进行拦堵和恫吓。1980年后，菲律宾政府将黄岩岛划在其200海里专属经济区内，但由于当时黄岩岛由驻菲美军实际控制，菲律宾并未提出主权要求。

1994年10月18日菲国家地图和资源信息部及1994年11月18日菲业余无线电协会向美国业余无线电协会出具的文件中，均确认“菲领土边界和主权是由1898年12月10日巴黎条约第三款所规定，黄岩岛位于菲领土边界之外”。

1994年《联合国海洋法公约》有关专属经济区的法规颁布实施后，菲律宾政府以黄岩岛位于其200海里专属经济区内为理由，宣称对黄岩岛拥有海洋管辖权，后来又改为对黄岩岛拥有主权。

1997年，菲律宾海军毁坏了中国主权标志。1997年4月30日，中国无线电运动协会组织的中美日无线电探险队登上黄岩岛进行无线电探险活动期间菲律宾多次出动军舰和军用飞机对此进行跟踪、监视和干扰。1997年5月20日，一艘菲律宾海军巡逻艇在黄岩岛外11千米处拘捕了一艘准备航行到马绍尔群岛的中国渔船，拘留了21位中国渔民。1997年8月5日，菲律宾和美国联合在黄岩岛附近举行飞机和战舰的实战演习。

1998年1—3月，来自海南省琼海市潭门镇的琼海00473和00372号以及中远渔313和311号四艘渔船在两个月时间内，相继在黄岩岛海域被菲海军拦截，51位渔民同样遭到“非法入境”的指控，被菲拘押近半年时间。