(一)内部控制停留在文字层面,内控意识薄弱

事业单位相对企业而言，对内部控制重视程度较低。虽然很多事业单位建立了一系列的内部控制制度,但由于历史原因和领导的重视程度不够,内部控制工作只停留在“纸上文章”和应付检查层面，未对执行和监管起到指导作用。甚至有些事业单位认为内控成本过高,造成单位办事手续繁琐,不利于运行效率提高，因而对内控的执行缺乏积极性。

(二)缺乏高水准内控管理人员

从整体来看，事业单位内控人员的素质偏低，尤其在一些基层单位，内控知识缺乏，或缺少相应的内控经验，内控人员难以胜任工作，不能有效的实现内部控制所预测的效果，导致内控执行时缺乏必要的力度，使内控失效。

(三)内控制度残缺，内控机构缺乏独立性

我国事业单位内部控制所规范的范围过于狭窄，导致制度成为摆设或者残缺的现象。此外，事业单位的内部控制机构不具备独立性，我国事业单位所设立的内部控制机构和其他部门之间的关系是平行的。从目前来看，出于对经济活动的监督、控制的需要，事业单位一般将这项工作交由会计部门或者纪检监察、审计部门负责。由于内部控制工作人员要受到单位的限制，因此也不具备独立性。

(四)重大事项的集体决策和审批制度执行不到位

事业单位一些重要事项范围和职责权限没有明确界定，决策方式和程序以及议事规则不规范不清晰，没有建立监督和责任追究机制。特别是在一些人员较少或较基层的事业单位，“家长制”作风严重，领导“一言堂”、“一支笔”审签。

(五)日常业务运行与财务管理脱节，资产管理环节存在缺陷，不能及时为内控部门提供资产、资金的使用数据等第一手资料

目前，大多数事业单位的财务部门只起到“核算”和“付款”的作用，对本单位业务上重要事项的决策、实施过程参与较少，对相关业务的来龙去脉了解不多，导致单位财务和业务办理脱节，从而无法对业务部门实施必要的财务管理和有效的内部监督;会计核算不及时，无法及时反映资产变化，应入未入、该销未销，导致账物脱节、存量不清。例如，有的个别单位建造的楼房已使用多年，工程支出仍挂在“在建工程”和往来账户中。

(六)预算外资金监管不力，把预算外资金视同部门和单位的自有资金

由于事业单位对预算外资金认识上存在偏差，缺乏一套完整、规范、统一的资金的管理制度，只实行简单的收支两条线方式，在资金管理方面形成不了齐抓共管的合力，管理效果不明显。