行政事业单位的内部控制是内部管理制度的重要组成部分，是指单位为了保护资产的安全、完整，提高会计信息质量，确保有关法律法规和规章制度及单位经营管理方针政策的贯彻执行，避免或降低风险，提高经营管理效率，实现经营管理目标而制定和实施的一系列控制方法、措施和程序。

1.保障国家财政资金的安全和完整

由于行政事业单位的性质，资金多为财政拨款，如何管好用好财政资金，减少或防止个人贪污、非法侵占国有资产，必须建立和有效实施内部控制制度，使得行政事业单位的经济活动按照制度有章可循，规范各类收支行为，确保收入及时入账，未设账外账，合理支出。避免财务工作的随意性，造成国有资产不正当流失，从源头上保障财政资金的安全完整。

2.合理保证财务信息的真实可靠

真实可靠的财务信息是反映一个单位在一定时期的财务状况，同时也是国家制订各种财政政策的依据。有效的内部控制制度，可以规范单位的工作流程，不相容岗位分离，相互牵制，杜绝单位内部人员做假账、弄虚作假，串通舞弊，进而保证财务信息的真实可靠。

3.有效预防腐败，提高公共服务效率

在经济发展中，行政事业单位是社会公共服务的提供者和社会事务的监管者，能否有效地履行职责，关键在于是否具备较高的内部管理水平。而加强内部控制建设，是提高内部管理水平的重要保证。同时，科学的内部控制体系，可以降低经营活动风险，有效防范腐败现象的滋生和蔓延，从而提升公共服务的效能。

二、行政事业单位内部控制建设存在的问题

1.对内控制度缺乏正确的认识

较好的内控环境是内部控制制度得以实现的重要保证，一些单位认为已经建立了各项规章制度，财政部门逐年推行一系列的财务制度改革，每年编制部门预算，实施国库集中支付制度，根本不需要建立内部控制制度。还有一些单位认为建立内部控制制度跟自己工作没有任何关系，对于建立内部控制意愿不强，认为这样是把权力关进制度的笼子里。

2.缺乏系统的内控制度体系

很少有行政事业单位结合自身业务特点设计一套系统、完整的内部控制体系，内部控制体系不健全致使行政事业单位自身的内部控制制度也失去了根本性指导。一些单位虽然能够制定一些内部控制制度，但内控制度涉及的范围缺乏全面性，未能包含所有人员和业务环节，仅局限于财务管理制定、会计核算管理制定，对内部控制的设计、运行和监督等问题缺乏全面性和深层次的思考，内控发挥不出应有效果;有的单位甚至没有统一的财务管理内控制度，认为已设置的机构职能和岗位职责，便视为内控制度;有的单位将其他部门的内控制度照搬到本单位，存在与实际工作性质、职能职责不相符;有的单位内部监管机构未设置或形同虚设，未能发挥其实效，设立的规章制度只为应付相关部门检查。