本科生6000元/学年，长学制学生本科阶段按本科生标准收取，进入二级学科阶段按照当年同类研究生学费标准收取；
住宿费1200元/学年。

北京大学医学部的前身是国立北京医学专门学校，创建于1912年10月26日，是中国政府依靠自己的力量开办的第一所专门传授西方医学的国立医学校。
1903年，清朝政府在京师大学堂设立医学实业馆，1904年，医学实业馆改称医学馆，迁入北京和平门外八角琉璃井由兴胜寺庙宇改建的馆舍，1907年停办。1910年，此馆舍被施医总局（当时的卫生部门）买去，为日后创立国立北京医学专门学校提供了条件。

1911年，辛亥革命推翻了清王朝，建立了中华民国，在当时的中国知识分子向西方学习的风潮下，西医在中国的地位，有了明显的变化。一批从海外留学回来的医学教育家立志通过发展医学事业，增强人民的体质，以洗刷长期压在中国人头上的“东亚病夫”的耻辱。1912年9月，中华民国教育部电召从日本留学归来正在筹建浙江省立医学专门学校的杭州人汤尔和到京，筹划创立医学校事宜。教育部以价银10，000两购买了已经停办的医学馆馆舍，划拨给国立北京医学专门学校使用，10月16日，中华民国教育部任命组织学教授汤尔和先生为北京医学专门学校校长，并于10月26日颁发校章。至此，中国第一所国立西医学校正式诞生。当时教职工9人，首批学生72人。汤尔和在开学典礼上以“促进社会文化，促进文明，减少人们痛苦，用学术来和列强竞争”，定位学校之办学目的。汤尔和在建校后当年，根据医学教育的需要，结合中国国情制定了中国的《解剖条例》，多次呈文教育部请求公布，于1913年11月获准公布，这是中国第一个解剖法令，是北京医学专门学校对中国医学教育的一大贡献，使中国的医学发展真正建立在科学的基础上。1915年2月，学校诊察所正式开业。1923年9月，国立北京医学专门学校奉命改建为国立北京医科大学校，并首次将医学生学制设为六年制。