1927年北京医科大学校与北京所有国立高等学校被改组,合并成立国立京师大学校,成为京师大学校的一个科,更名为国立京师大学校医科。同年,学校附设的诊察所扩充为学校附属医院。1928年11月,京师大学校改组为国立北平大学,医科改为医学院,成为北平大学医学院。1929年,根据北平大学的《组织规程》,规定医学院以研究高深学术,培养医学专门人才为宗旨。1931年,建立我国医学校中第一个法医教研室。1937年抗日战争爆发后,国立北平大学西迁,部分医学院师生一同西迁。留在北京的医学院院务完全停顿,1938年1月,当时的教育部将原北京大学和北平大学合并办起“国立北京大学”,医学院为下设的六个学院之一。5月复课,并接收燕京大学和协和医学院师生继续学院的教学。1945年12月北京各公立大学被统一编为“北平临时大学补习班”,北平大学医学院被编为“临时大学补习班第六分班”。1946年7月,北京大学在北平复校。北平临时大学补习班第六分班连同附属医院一同并入北京大学,成为北京大学医学院。院长先后为解剖学教授马文昭先生、生理学教授沈钧淇先生和皮肤科学教授胡传揆先生。胡传揆教授同时任医学院附属医院(亦称北大医院)院长。从此,学校作为北京大学的一部分,开始了新的历程。
1952年,全国高等学校院系调整,北京大学医学院脱离北京大学,独立建院并更名为北京医学院,院长为胡传揆教授。直属中央卫生部领导,办学经费由中央财政部转中央卫生部拨付。北医校址迁至今日的北京市海淀区学院路38号,由此,医学院开始了较大的发展。
1959年北医被国家确定为全国十六所重点院校之一。1984经国务院批准,在全国重点建设10所大学,北京医学院是唯一所医科学校,院长为医学教育专家马旭研究员。