学校现有2所直属附属医院和13所非直属附属医院。直属第一附属医院前身是水利部治淮委员会直属医院，目前是皖北地区规模最大的综合性医院，是卫生部首批三级甲等医院，拥有1个国家级临床重点专科，1个国家中医“十二五”重点专科，3个省级临床医学重点专科，6个省级重点培育专科，3个省高校重点学科，2个省级重点实验室，拥有安徽省首个肺癌综合诊疗中心，实际开放床3000余张。直属第二附属医院是一所集医疗、教学、科研、预防、康复为一体的省直三级甲等医院，是“全国百姓放心示范医院”、省新农合工作“优秀医院”，实际开放床位近1000张；拥有一批省级和校级特色学科和专科，技术力量雄厚，设备先进，服务优质，深受群众信赖，医院检验科被国家卫生部临床检验中心授予“全国优秀实验室”称号；2017年，占地300余亩、3000张床位的新院将矗立在淮河岸边，为皖北千万人民的身心健康保驾护航。学校另有170多家教学医院、实习医院和实习基地，主要分布在北京、上海等9个省市。

学校具有优良的育人传统，高度重视学生临床技能的培养，在附属医院和教学医院中稳步推行“临床学院教学模式”改革。通过“早接触、多接触、反复接触”临床，增强学生临床实践技能，提高人才培养质量。2012—2015年，学校连续四年进入全国高等医学院校大学生临床技能竞赛总决赛，并蝉联二等奖以上奖项；在2013年首届全国医学影像专业大学生实践技能大赛中，荣获大赛团体特等奖。在2015年首届全国护理本科临床技能大赛中荣获一等奖。学校毕业生以基础理论扎实、动手能力强赢得社会广泛赞誉，用人单位问卷调查总体满意度达100%；学校连续多年毕业生就业率保持在较高水平，荣列2015年度全国高校毕业生就业工作50强单位。

学校深化医德教育，将医者“仁心”、“仁术”培养相结合，涌现出“最美列车女孩”林雪、路边救助突发心脑血管疾病老人的薛帅帅、冲下公交施救路边昏倒老人的计星胜、路遇伤者积极施救的周青等众多见义勇为、感动社会的救人义举。

学校积极开展国内外学术交流活动，先后与美、法、德、日、澳、韩等国以及台湾、香港地区的学术机构、高等院校建立了协作关系。2008年开始招收全日制临床医学专业留学生。

春风化雨，陶铸精英；继往开来，再创辉煌。一代代蚌医人潜心耕耘、励志践行，不断推进学校建设发展迈向新征程。校第七次党代会以来，学校深刻认识改革大势、科学谋划发展蓝图，明确提出创建特色鲜明高水平医科大学的奋斗目标。在新的历史条件下，学校将秉承优良传统，团结带领全校党员干部和师生医护员工，锐意进取，奋发图强，向建设特色鲜明的高水平医科大学目标不断迈进，为保障人民群众健康，培养高素质医学人才，建设美好安徽做出新的更大贡献！