遵循“以医为主、以本为主、以人为本、以质为本”的办学理念，学校现已形成医学、理学、工学、管理学4个学科门类协调发展的教育格局。有临床医学、医学检验技术、护理学、医学影像学、药学、预防医学、生物科学、精神医学、食品卫生与营养学、信息管理与信息系统、口腔医学、制药工程、药物分析、医学影像技术、生物技术、全科医学、麻醉学、临床输血、食品质量与安全等19个本科专业（专业方向）；有基础医学、临床医学和护理学3个一级学科硕士学位授权点和临床医学、口腔医学和公共卫生3个硕士专业学位授权点，29个二级学科授权点。

学校面向全国18个省市招生，现有普教本科在校生近13000名，硕士研究生近1000名。校本部和直属附属医院共有教职医护员工近4000人，其中副高以上专业技术人员804人，教授、副教授344人。有全国优秀教师6人，全国和省五一劳动奖章获得者3人；省模范教师、优秀教师、先进工作者16人。有省学术和技术带头人及后备人选17人；省教育厅拔尖人才、省高校中青年学科带头人培养对象15人，省高校中青年骨干教师38人。享受国务院、省政府特殊津贴的专家54人。

学校拥有1个国家级特色专业，1个国家新药Ⅰ期临床研究基地，7个省级特色专业，5个省级综合改革试点专业，9个省级重点学科、特色专科，3个省级重点实验室，1个省级工程技术中心，1个省人文社科重点研究基地，1个安徽省生化药物产业技术创新战略联盟，2个省级实验教学示范中心，2个省级人才培养模式创新实验区。学校是国家级大学生创新创业实践基地和校外实践基地，教育部临床医学“5+3”改革试点高校、医学检验技术专业综合改革试点高校和临床技能综合培训中心。

学校充分发挥高校科研人才优势，积极服务地方社会经济发展，建设有“国家心理咨询师职业资格鉴定考试点”、“公共营养师国家职业技能鉴定站”、“育婴师、养老护理员国家职业技能鉴定站”和“安徽省肺癌综合治疗中心”、“安徽省骨关节疾病诊疗中心”、“安徽省生化药物工程技术研究中心”。学校近年来承担国家自然科学基金项目30余项，教育部各类课题项目10余项，获省厅级以上科研立项600余项，申报发明专利10余项，合作参与了包括国家重大科技专项973项目在内的国家级项目10余项，发表各类论文6000余篇，出版教材、专著50余部。曾获安徽省科技进步一等奖3项，卫生部科技进步二等奖2项。公开出版发行《蚌埠医学院学报》、《中华解剖与临床杂志》、《中华全科医学》3种学术刊物。