但是，在现行《住房公积金管理条例》中，规定的公积金的缴存制度却不尽合理。只有正式单位的职工，才可以缴存住房公积金，个人和单位同时缴存。个体户、自由职业者等则无法缴存公积金，也享受不了公积金贷款等政策。此次《条例》修订稿明确提出，无雇工的个体工商户、非全日制从业人员以及其他灵活就业人员可以缴存住房公积金，并享受公积金贷款等政策。

过去，住房公积金条例的公平性被质疑最多的是各地、不同行业缴存比例、缴存基数不一。原条例中对缴存底线和上限只是原则规定，导致公积金缴存差距悬殊。由于缺乏强制，各地公积金缴存比例低的只有5%，高的已达到25%。缴存住房公积金的月工资基数也不一致，有的地方采用的是基本工资，有的地方是职工的津、补贴和工资之和。此次修订稿明确提出，公积金缴存基数不得低于职工工作地设区城市上一年度单位就业人员平均工资的60%，不得高于平均工资的3倍，单位和职工缴存比例上限不高于12%，下限不低于5%。

《条例》修订稿还删除了住房公积金增值收益用于建设城市廉租住房补充资金的规定。现行的住房公积金管理条例明确规定，住房公积金属于缴存人所有，只是由专门机构代管。然而，近年来，全国多地出现“公积金收益用途”争议。“增值收益上缴财政，用于保障房建设，相当于政府拿了属于部分缴存人的收益，转嫁了自己应承担的公共服务责任，损害了缴存人利益。”一位不愿透露姓名的市政协委员说。此次《条例》修订促进资金保值增值，可以将住房公积金用于购买国债、大额存单、地方政府债券、政策性金融债、住房公积金个人住房贷款支持证券等高信用等级固定收益类产品，明确了增值收益归属，拓宽了公积金投资渠道，有望提高收益，同时又堵住了政府随意伸手缴存人腰包的渠道。