学校高度重视科学技术创新。建有国家海洋设施养殖工程技术研究中心、海洋生物种质资源发掘利用国家地方联合工程实验室，有24个省部级重点实验室、工程实验室、工程技术研究中心、协同创新中心等。近5年来，承担国家973计划、863计划、科技支撑计划、国际科技合作计划等国家级科研项目142项、省部级科研项目374项，到校科研经费年均8805.87万元、2015年超1.25亿元。主持完成了我国首部的海域基准价核定标准《浙江省海域基准价核定规程》、海域使用权价值评估地方标准《浙江省海域评估规范》，完成世界首个石首鱼科鱼类--大黄鱼全基因组序列图谱并在NatureCommunications上发表，1名教师连续列入中国高被引学者榜单。科研成果获国家科技进步奖二等奖2项，获浙江省科学技术奖一等奖、教育部高校科学研究优秀成果奖一等奖、国家海洋局海洋科学技术奖一等奖、中国轻工业联合会科学技术奖一等奖、中国商业联合会科学技术奖特等奖和中国专利优秀奖等省部级奖56项。拥有西轩渔业科技岛，“浙海科1号”进入国家海洋科学考察船序列，“浙渔科2号”正在建造。出版《浙江海洋大学学报》（自然科学版、人文社科版），建有国家海洋出版社浙江分社。浙江省海洋科学与技术学会、浙江省海洋文化研究会挂靠我校。

学校高度重视地方服务工作。共建有中国海洋科技创新引智园区，正在筹建省级大学科技园，与浙江沿海政府部门、企事业单位以及国内大院名校组建了一批科技创新服务载体。建有海洋勘测规划设计研究院等，拥有国家级计量认证、海域使用论证（乙级）、渔业船舶设计（乙级）、农产品质量安全检测、渔业污染事故调查鉴定（乙级）、测绘（丁级）和浙江省海域评估、浙江省海域基准价核定等资质。开展专业技术人员继续教育及渔业、石油化工、船员、国际商务英语、教师教育等专业技能培训，拥有船员质量体系、27个船员适任证书（含无限航区一等船长和轮机长）培训、远洋渔业船员一级培训、石油化工职业技能鉴定、国际商务英语考试二级培训等资质，设有浙江省远洋渔业培训中心、中国石化销售公司舟山培训中心等培训组织。是全国海洋意识教育基地和全国科普教育基地。