学校先后获国家级科技奖励7项，部委级科技奖励17项，省级科技奖特等奖2项，一等奖15项。近五年来，承担国家级科研项目299项，数量位居全省第三位，年科研经费超过1亿元，获省级科技奖99项。有教育部创新团队1个、省科技创新团队13个、省高校科技创新团队6个，国家资质认定和认可实验室2个、省重点（工程）实验室5个、省工程技术研究中心1个、省哲学社会科学研究基地1个、省级国际科技合作基地4个、院士专家工作站24个、省级协同创新中心3个、省实验动物产业技术创新战略联盟1个、省高校重点实验室和工程研究中心9个、省级研究生教育创新联合培养基地3个。《昆明医科大学学报》（自然科学版）是国家科技核心期刊，发行量和影响力不断提升。

学校建立了由4所直属附属医院、10所非直属附属医院、9所教学医院、42所实习医院、18个社区实践教学基地和41个相关专业实践教学基地组成的完善的实践教学网络，充分满足学生实践教学需要。第一、第二附属医院是卫生部首批评定的“三级甲等”医院，第三附属医院是“三级甲等”肿瘤专科医院，附属口腔医院是云南水平最高的三级口腔专科医院。附属医院一流的医教研仪器设备、一流的医疗和师资队伍、一流的医疗服务水平和一流的医学科研能力，有力地支持了学校的建设与发展，为云南医学高级专业人才的培养和医疗卫生事业的发展做出了积极的贡献。

学校积极开展国际交流合作，与21个国家和港澳台地区的59所高校及科研院所建立了交流合作关系。是“云南省国际医学人才培养基地”和云南省首批招收国家政府奖学金留学生院校，是教育部批准的来华留学生本科临床医学专业（英语授课）学校。

学校重视社会服务，利用各类培训中心开展医学和相关人员继续教育培训，承担社会责任，与丽江、楚雄、昭通、德宏、迪庆等多个地方政府建立了战略合作关系，与9个州市签订了农村订单定向免费医学生培养协议，学校积极开展教育、医疗和文化扶贫。近年来学校获得云南省文明单位、云南省文明学校、云南省思想政治工作先进集体、云南省社会扶贫先进集体、云南省民族团结进步先进集体和平安校园等荣誉称号，是国家公共机构节约型示范单位。

学校正遵循“崇德、精业、团结、奉献”的校训，为建成高水平教学研究型医科大学而努力。