五十年代院系调整，部属云南大学一些重要而有特色的系科，如航空、土木、法律、铁道等被划出并入当时的北京航空学院、四川大学、西南政法学院、长沙铁道学院等高校；工、医、农等先后独立建校，并逐步发展为今天的昆明理工大学、昆明医科大学、云南农业大学、西南林业大学等高校。1958年，云南大学由中央高教部下放云南省管理。1978年，云南大学被国务院确定为全国88所重点大学之一。

改革开放后，云南大学获得了长足的进步。1996年首批列入国家“211工程”重点建设大学，2001年列入西部大开发重点建设院校，2004年成为教育部和云南省人民政府重点共建高校，2006年本科教学工作水平评估共19项二级指标全部评定为A，被教育部评为本科教学优秀学校，2012年成为国家“中西部高校基础能力建设工程”和“中西部高校提升综合实力工程”实施院校。

近年来，围绕国家战略和云南省“两强一堡”建设需求，云南大学遵循“立足边疆、服务云南、提升水平、办出特色”的办学思路，按照“高起点、超常规、跨越式”的总体要求，以水平提升为主线，以内涵建设为重点，以体制机制改革为动力，以党建思想政治工作为保证，实施综合创新战略、人才强校战略、非均衡发展战略、合作共建战略和国际化战略，着力推动学校实现科学发展、跨越发展、超常发展、和谐发展，综合实力和整体水平上了新的台阶。云南大学已成为一所以民族学、生物学、特色资源开发与环境保护，以及边疆问题和东南亚、南亚国际问题研究为优势特色，文、史、哲、经、法、教育、理、工、农、医、管、艺术等学科较为齐全，人才密集的全国重点综合性大学。

学校下设21个学院、8个研究院、1个公共课教学部、1个留学生院，有全日制在校本科学生15694人，研究生17019人。有本科专业85个，国家特色专业12个，国家级专业综合改革试点项目2个,国家精品课程10门，国家级精品资源共享课程2门，国家级精品视频公开课3门，国家双语教学示范课程4门，教育部—IBM精品课程1门，教育部—INTEL精品课程1门，拥有民族学、生态学、专门史、微生物学4个国家级重点学科，52个省级重点学科；有13个一级学科博士学位授权，11个博士后科研流动站，38个一级学科硕士学位授权，19个专业硕士学位授权。有国家级人才培养基地4个，国家实验教学示范中心3个，国家级应用型、复合型卓越法律职业人才教育培养基地1个，国家人才培养模式创新实验区4个以及国家示范性软件学院。1个国家人文社科重点研究基地，1个国家文化产业研究中心，1个国家科学决策咨询研究中心，1个省级研究中心，4个云南省哲学社会科学重点研究基地。1个国家大学生文化素质教育基地，1个省部共建国家重点实验室培育基地，2个省部共建教育部重点实验室，4个省部级重点实验室，2个省级高新技术创新人才培养基地，3个省部级工程研究中心，2个省级协同创新中心，1个国家Linux技术培训与推广中心。