传统意义上的事业单位，与党政机关同为财政供养的“国家单位”，随着事业单位编制不断扩大，人员逐渐增多，财政供养压力越来越大，公益服务的效率却越来越低。事业单位改革的一个根本目的，就是要精简事业单位编制，减轻财政供养压力，同时提高公益服务的效率和水平。事业单位分类改革的第一阶段，基本达到了“减员增效”的目的，而在分类改革的第二阶段，取消公立医院、高校等公益二类事业单位的事业单位编制，同样也要努力实现“减员增效”的目的。

公立医院、高校等的事业单位编制要取消，其提供公益服务的属性和功能却不能取消——公益二类事业单位的公益性非但不能取消，反而应当有所强化优化。这就内在地要求，公共财政对公益二类事业单位的投入保障作用丝毫不能削弱，政府不能借取消公立医院、高校事业编制的机会“甩包袱”。

公共财政的投入保障作用表现在，由公益二类事业单位承担，不能由市场配置资源的那部分公益服务，公共财政仍须全额拨付经费，而不能把这些统统推向市场;由公益二类事业单位承担，可以由市场配置资源的那部分公益服务，有的需要向公众收取费用维持非营利性运作，有的可以改由通过政府购买服务的方式向公众提供。无论哪一种方式，都需要公共财政予以补贴和保障，如果公共财政投入不足，公立医院、高校就会提高收费标准，由此加剧“看病贵”、“上学贵”，以政府购买服务方式向公众提供的医疗、教育服务，也会因政府购买价格过低而影响质量。这些代价最终会转嫁到公众身上，公众将成为政府“甩包袱”的受害者。

取消公立医院、高校的事业单位编制，是加快推进事业单位改革的创新之举。在此过程中，政府对事业单位的投入保障功能不能弱化、打折扣，而应当继续加大力度、优化结构，以体现和完善事业单位的公益属性。为此，要从完善财政预算编制和预算监督入手，针对公立医院和高校建立成熟、稳定的公共财政投入保障机制，包括成立公立医院拨款委员会、高校拨款委员会等第三方监管机构，推动政府切实履行对公益事业的保障责任。

有数据表明，目前中国公立医院在编人员大约有800多万，高校在编教职工有233万余人，对于这部分在编事业单位人员，具体做法将实行实名统计，之后随自然减员，逐步收回编制。

而对于高校的非在编人员，官方尚未统计。国家行政学院公共行政教研室主任竹立家接受采访时表示，这部分人员的数量十分庞大，“编外人员多的单位有的能占到一半，少的也有20%—30%左右。”下一步，在高校取消事业单位编制之后，将会逐步缩小编外人员与编内人员的待遇差别，解决编外人员面临的多种问题。