第二阶段，分析检查阶段。这一阶段是承前启后、把学习实践活动引向深入的重要阶段。要抓好召开民主生活会、撰写分析检查报告、组织群众评议3个环节。一是区局领导班子召开检查科学发展观贯彻落实情况的专题民主生活会，领导班子成员重点查找个人和班子在贯彻落实科学发展观方面存在的突出问题和个人在党性党风党纪方面群众反映强烈的问题，分析原因，集中整改。专题民主生活会与年度民主生活会合并召开，适当扩大列席人员范围。各支部也要召开专题组织生活会，按照科学发展观要求分析查找差距和不足，明确努力方向。二是形成领导班子分析检查报告。分析检查报告要紧密联系工作实际，充分运用前阶段深入调研、开展解放思想讨论、民主生活会成果的基础上，认真查摆贯彻落实科学发展观、服务科学发展、共建和谐税收方面存在的突出问题，确定落实科学发展观的主要思路和加强领导班子自身建设的具体措施等。分析报告要突出检查和分析两个环节，避免写成工作总结或工作报告。区局领导班子分析检查报告初稿形成后，要以适当方式广泛听取各方面意见，反复修改完善。三是组织群众评议。区局领导班子的分析检查报告形成后，采取座谈会或书面评议的形式，组织机关党员、群众、有关专家、纳税人代表、基层单位代表参加评议。参加评议人员着重从对科学发展观的认识深不深、查找的问题准不准、原因分析得透不透、发展思路清不清、工作措施可行不可行等方面进行评议。群众评议中提出的意见建议要体现在修改后的分析检查报告中，分析检查报告和评议结果在全局范围内公布。

第三阶段，整改落实阶段。这一阶段要抓好制定整改落实方案、解决突出问题、创新体制机制3个环节。一是制定整改落实方案。区局领导班子针对学习调研和分析检查阶段中查找出来的问题，制定行之有效的整改方案，整改落实方案制定后，要在全局范围内公布，做出公开承诺;整改落实情况要在全局范围内通报，接受党员和群众的监督。二是集中解决突出问题。要针对查找揭摆出来的突出问题，按照整改方案的具体要求，切实抓好整改措施的落实，对具备整改条件的及时整改，对当前不具备整改条件的问题要落实整改责任，尽快加以解决。三是完善体制机制。从促进科学发展的需要出发，积极稳妥地推进体制机制创新和制度建设，努力解决制度缺失和体制障碍等问题，认真清理现有的规章制度，切实做好废、改、立工作。按照科学发展观要求，着力建立完善有利于科学发展的八个机制，逐步形成贯彻落实科学发展观的长效机制。