据前述接近国土部的专家介绍，国土部等方面之所以对小产权房采取“冷处理”的办法，根本原因是相关部委、中央与地方政府，以及一些专家在处置小产权房的问题上仍存在一些分歧，因此对小产权房制度的改革政策迟迟未能出台。

全国政协经济委员会副主任厉以宁、北京大学教授周其仁一直主张给小产权房“转正”。在不同的场合，两位经济学家都有表示，对农民在集体土地上建设的小产权房，应该分类处理、分类对待，应该允许一部分符合条件的小产权房合法化。

厉以宁认为，农民在自己宅基地上建的一些“小产权房”，只要通过补缴税费，就应该允许农民自由买卖;而周其仁的建议是，允许部分小产权房“转正”，将有助于缓解日益高涨的房价，对推进农民工市民化大有好处。

与厉以宁、周其仁的观点一致，郑振源也主张尽快推动小产权房“转正”。他分析表示，现在中央提出新型城镇化关键是要实现人的城镇化，围绕“人口城镇化”这一核心目标，农民工转化市民首先面对的就是城市高房价问题，在这样的背景下，小产权房的“转正”恰好符合市场的需求，

郑振源补充表示，解决小产权房的历史遗留问题，国土部等方面应尽快设立一个合理的时间节点，对于节点后的新建小产权房一律严惩不贷。在限制新建小产权房的同时，对现存小产权房的遗留问题，如在村民宅基地上建设，符合城乡统筹发展规划及土地利用规划的小产权房，应该允许其补办相关手续、补交相关费用，之后再给予农民正式产权，或者纳入到廉租房、公租房、经济适用房等城市保障性住房系列中。

郑振源还表示，现在一些地方政府在处理小产权房问题上已有所创新，比如，深圳市政府方面决定，从4月1日起，将部分历史遗留违建的小产权房转为限价商品房，这样的做法对国内其它省市推动小产权房的分类改革颇有借鉴作用。