在红军右路军向班佑、巴西前进的途中，中共中央电令张国焘，要左路军迅速出墨洼、班佑，与右路军并力东进。红军右路军到达班佑、巴西地区后，毛泽东、徐向前、陈昌浩联名致电张国焘建议左路军迅速出班佑，向右路军靠拢。但张国焘制造借口，不执行中共中央的指示，并命令已进到墨洼附近的部队返回阿坝。接着，张国焘提出红军主力南下川康边天全、芦山、道孚、丹巴等地的计划，对抗中共中央的北上方针，并电令陈昌浩率右路军南下。接着，他又提出"彻底开展党内斗争"，企图危害中共中央。红军前敌总指挥部参谋长叶剑英识破了张国焘的阴谋，机智地报告了毛泽东。在此情况下，中共中央于9月10日率领红一方面军第1、第3军(后组成陕甘支队)继续北上，于16日逼近川甘边界的要隘腊子口。17日拂晓，红军一举夺取了天险腊子口，18日占领哈达铺，胜利进入甘南。接着，突破国民党军渭河封锁线，翻越六盘山，于10月19日到达陕甘苏区的吴起镇。至此，红一方面军主力历时1年、纵横11个省、行程2万5千里的长征胜利结束。11月初，红军陕甘支队在甘泉附近地区同红15军团会师。会师后，中共中央再次决定恢复红一方面军番号，彭德怀任司令员，毛泽东任政治委员，辖第1军团(陕甘支队编成)、第15军团。11月21～24日，红一方面军取得了直罗镇战役的胜利，彻底粉碎了国民党军对陕甘苏区的第三次“围剿”。

张国焘拒绝执行中共中央北上方针，1935年9月命令左路军和右路军之第4、第30军分别由阿坝、包座地区南下，企图在川康边少数民族聚居区建立苏区。10月8～20日，南下红军发动了绥(靖)崇(化)丹(巴)懋(功)战役，击溃川军6个旅。24日，又发起天(全)芦(山)名(山)雅(安)邛(崃)大(邑)战役;11月13～19日，红军在名山东北百丈地区同川军十几个旅激战7昼夜，虽歼灭川军1.5万余人，但红军也伤亡近万人。1936年2月，红军被迫向西转移，4月进入道孚、炉霍、甘孜地区。至此，红军由南下时的8万余人减为4万余人，张国焘南下行动遭到失败。在中共中央劝导和督促下，经过朱德、刘伯承及红四方面军广大指战员的斗争，张国焘被迫于6月接受了中共中央北上的战略方针。

1935年9月，国民党军集中130多个团的兵力，采取持久作战和堡垒主义的方针，对湘鄂川黔革命根据地(亦称湘鄂川黔苏区)和红军发动了新的“围剿”。在国民党重兵的进攻下，中共湘鄂川黔省委和军委分会决定红军转到外线寻求新的机动，开辟新苏区。11月19日，红2、红6军团共1.7万余人，由湖南桑植地区出发，退出湘鄂川黔苏区，开始长征。红军经4个月转战，于1936年3月30日进到贵州西南的盘县、亦资孔地区。这时，红军总司令朱德、总政治委员张国焘电令红2、红6军团北渡金沙江，同红四方面军会师。红2、红6军团遂于31日离开盘县地区，分两路向西急进。4月25～28日，分别从云南西北部的石鼓、巨甸地段渡过金沙江，向北前进，连续翻越了几座大雪山，于7月2日到达甘孜地区，同红四方面军胜利会师。5日，红2、红6军团和红32军奉中革军委电令，组成中国工农红军第二方面军，贺龙任总指挥，任弼时任政治委员，萧克任副总指挥，关向应任副政治委员。