上述人社部专家分析表示，目前国家仅仅规定了事业单位绩效工资改革的一些基本原则，地方在制定具体绩效标准的时候自由度很大，往往容易走样。比如对中小学教师的绩效考核，目前大都是以课时为主，而对于医院大夫、护士的绩效考核，则要考虑医疗质量、服务质量、病人满意度等因素，因此很难划定合理的考核标准。

据悉，在继续推进事业单位实施绩效工资改革的同时，针对不同类型的事业单位的主要领导、高层次人才和普通专业技术人员，人社部正在制定一系列与之相配套的绩效考核新政措施。尤其是对事业单位的主要领导，将逐步建立激励约束机制，由主管部门依据岗位职责、工作业绩和贡献以及风险等因素，确定分配办法和收入水平。

【事业单位工资改革难点】

国务院共有社科院中科院等直属事业单位14个，有国资委、科技部等相关部委29个，税务总局、工商局等直属机构18个，以及部委管理的国际局10个。在这些机构下面，基本上都有数目不等的相关事业单位。这些种类繁多，人员规模庞大的事业单位的工资改革成为此次改革的难点

事实上，中科院和社科院在2008年被选为进行工资改革的试点。两年已过，这两个“先行先试”的事业单位推进的工资改革依然困难重重。

2010年12月1日，社科院人士说，院里工资改革基本已经停止，没办法再推进了。该人士透露，停止的原因在于社科院向人保部争取的“一级以上研究员岗位比例达到60%以上”这一要求至今没有得到批复。他称，定岗定薪都不是关键，关键是最上面的人员级别定不下来，下面都不好做。

即便是在中科院，推进的工资改革也仅仅停留在定岗定薪的层面，而对于绩效究竟该如何考核，相关的津补贴参考标准如何一直没有明确的说法。

由于体制遗留原因，科技部掌管着包括国家发改委、工信部、财政部等众多部委下属的科研型事业单位的工资费用。这一权利，由前国家科委承袭而来。每年，科技部都要对几乎全部部委所属的科研事业单位的支出费用统一匡算，然后上报财政部拨款。

科技部人士称，最近几年来的局面是，国务院部委设置瘦身，但是相应事业单位却在逐年扩编。仅以科技部为例，1998年国务院机构改革之后，科技部下属事业单位只有两三家，单现在已经发展至近10家。目前，每年科技部匡算出来的国务院部委相关事业单位的工资等费用支出已经近500亿。而十年前，才不过几十亿的规模。