爱因斯坦和玻尔这两位科学巨人的背后，是现代物理学的两大基础理论一相对论和量予力学。他们的争论旷日持久，几乎所有理论物理学家都被吸引并参与进来，乐此不疲。尽管两人的科学理论和思想观点始终没能调和，但他们却结下了长达数十年的友谊。玻尔高度评价他与爱因斯坦的学术之争，认为它是自己“许多新思想产生的源泉”。爱因斯坦也称赞说：“很少有谁像玻尔那样，对隐秘的事物具有如此敏锐的直觉，同时又兼有如此强有力的批判能力。他是我们时代科学领域伟大的发现者之一。”

与爱因斯坦更个性化的独自研究不同，玻尔周围聚集着许多杰出的理论物理学家。他不但有革新的勇气，更是一位伟大的伯乐。他为量子物理学培养和组织了一支创新发展的队伍，人们称之为“哥本哈根学派”。后来的诺贝尔物理学奖获得者玻恩、海森伯、泡利以及狄拉克等都曾是其主要成员。

哥本哈根学派活动的大本营就是哥本哈根理论物理研究所。该所是玻尔在1917年申请，并于l921年正式成立的。他以著名科学家的身份为研究所作担保，筹集了大量资金。在任所长的40年间，他以特有的人格魅力，吸引了世界各地的青年才俊，使研究所成为当时全世界最重要、最活跃的量子力学研究中心。这里先后培养了600多名物理学家。玻尔使这个科学家群体中的每个个体的力量发挥到极致，形成了以集体讨论和自由探索为特征的研究风格。他还经常在此举办非公开的小型年会，邀请各国著名的物理学家出席，相互学习，启发交流。这里没有论资排辈，只有挑战与争鸣，形成了富有激情和活力、不断进取的学术精神，人们誉之为“哥本哈根精神”，这种精神至今仍在科学研究领域受到推崇。量子力学每前进一步，或多或少都与这个学派科学家的合作研究有关。可以说，玻尔领导的哥本哈根学派具备了一个科学学派应有的优秀特质。

希特勒上台后，玻尔以访问德国为名，暗地调查德国科学家的安全情况，然后设法把可能受到迫害的犹太科学家转移到安全地方。他还积极创立和参加丹麦救援组织，尽力帮助逃到哥本哈根的科学家与其他难民。

德国纳粹控制丹麦后，玻尔起初留在国内，与抗敌组织保持密切联系。他一贯的不合作态度，令纳粹非常恼火。1943年玻尔受到纳粹分子的威胁，他冒险出逃，历尽艰险，辗转到达美国。在美期间，为抗击法西斯，他曾参加原子弹的研制工作。在研制过程中，他就考虑到这一研究成果对未来世界的影响，并曾多次接触英美首脑，建议他们及早与苏联达成控制原子武器的协议，但没有成功。