学校是全国首批中医药学博士、硕士学位授予单位（1981年），首批临床医学（硕士、博士）专业学位试点单位（1997年）。现有一级学科博士授权点3个，覆盖中医、中药、中西医结合二级学科16个博士授予点，有硕士授权点27个。学校现设有博士后流动站3个(中药学、中医学、中西医结合)、博士后工作站3个（太极集团、恩威集团、江中集团）。

学校有4个国家级重点学科(中药学、中医五官科学、针灸推拿学、中医妇科学)，9个国家中医药管理局重点学科和18个省级重点学科。现有国家级特色专业5个（中药学、中医学、中西医临床医学、针灸推拿学、藏医学）、四川省特色专业7个，国家级精品课程4门，四川省精品课程24门，国家级实验教学示范中心1个，省级实验教学示范中心4个，国家级优秀教学团队2个，省级优秀教学团队3个，国家级人才培养模式创新实验区1个，省级人才培养模式创新实验区1个。

学校教学科研实力雄厚，仪器设备资产价值1.81亿元，建有教育部重点实验室1个、教育部工程中心1个、国家中医药管理局重点研究室3个、中央与地方共建基础实验室18个、国家中医药管理局科研三级实验室11个、四川省重点实验室3个、四川省高校重点实验室9个。还设有国家中药GCP中心、四川省中药筛选评价中心、四川省中药不良反应监测中心等科研机构。学校图书馆藏书110余万册，校园网覆盖全校。现有4所直属附属医院、7所非直属附属医院，其中，成都中医药大学附属医院（四川省中医院）为“国家三级甲等综合性中医医院”、“全国中医药临床研究基地”、“全国示范中医医院”、“全国百佳医院”，有国家级重点专科6个。

“十一五”以来，学校承担各级各类科研课题1121项，其中，国家“973计划”项目、“863计划”项目、国家重大专项、国家科技支撑计划、行业专项、国家自然科学基金项目等国家级课题122项，（其中“973”牵头项目1项，“973”课题6项，“863”课题1项，国家重大科技专项牵头5项，国家科技支撑计划课题11项，行业专项3项，国家自然科学基金项目57项）；获各级各类科技进步奖37项，其中，部省级一、二等奖18项，申请国家专利73项；到位科研经费过亿元，技术合作或转让合同经费5千多万元。

学校1994年发起组建的高科技股份制公司“华神药业股份有限公司”是中医药院校参与发起的第一家上市公司。2002年，学校参与发起成立国家中药现代化产业基地（四川），并承担了四川省33个GAP基地中17个基地的建设指导工作。2002年以来，学校先后承办了由国家科技部等三部两局两院和四川省人民政府共同主办的第一、第二届中医药现代化国际科技大会的学术组织工作，目前正在承办的第三届中医药现代国际科技大会的学术组织工作。