学校现有一级学科博士学位授权点38个，覆盖经济学、法学、文学、理学、工学、农学、医学、管理学等8个学科门类；一级学科硕士学位授权点56个，覆盖12个学科门类；博士专业学位授权点3个；硕士专业学位授权点23个；35个博士后流动站；1个国家实验室（筹），1个国家重大科技基础设施，8个国家重点（级）实验室，5个国家工程研究中心，2个国家工程实验室，1个国家级研发中心，1个国防重点学科实验室，3个协同创新中心，1个国际联合实验室，14个教育部重点实验室，5个卫生部重点实验室，1个农业部重点实验室，31个上海市重点实验室，5个教育部工程研究中心，5个上海市工程技术研究中心，1个国家社科基金决策咨询点，2个文化部文化产业研究基地，12个上海市理论创新基地、智库和经济社会发展研究工作室，3个世界卫生组织合作中心，1个国家技术转移中心和1个国家大学科技园。

科学研究与科技创新水平不断提高。2015年，国家自然科学基金项目数和经费数连续六年全国第一。SCI收录论文数等指标连续多年名列国内高校前茅，度SCI收录论文数5398篇，继续保持全国高校第二；十年SCI收录论文累积被引35488篇、308723次，上升至全国高校第二；“表现不俗”论文2402篇，继续保持全国高校第二；国际合著（第一作者）论文数1220篇，同比增加162篇，继续保持全国高校第二；在中国科学技术信息研究所公布的154种各学科高影响力期刊中发文181篇，继续名列全国高校第三；SCI学科影响因子前十分之一的期刊论文数762篇，同比增加76篇，居全国高校第四；被SCIENCE、NATURE、CELL和PNAS四大名刊收录论文8篇，居全国高校第四。国内科技论文数7712篇，国内被引26068次，上升至全国高校第一。

拥有“暗物质探索研究”、“第二代高温超导带材制造”、“量子信息存储”、“国家水体安全的环境战略-洱海水治理”、“4500米无人遥控潜水器（海马号）研制”、“火箭发动机关键部件加工”、“纳米材料全新力学现象”、“合成光学活性无机材料”、“DNA磷硫酰化修饰基因组图谱破译”、“肾上腺肿瘤致病基因”、“肾上腺和胰腺内分泌肿瘤医学基因组学”、“胃癌发生机制”、“生态系统镁研究”、“生长素调控植物气孔发育”、“水稻花器官发育”、“为治疗非酒精性脂肪肝寻找潜在新靶点”、“治疗帕金森症天然产物”等一批重大研究成果。