学校建有上海海洋大学海洋科学研究院，下设数字海洋研究所、海洋药物系统及神经科学研究所、海洋药物与健康食品研究所、海洋政策与法律研究所，海洋渔业遥感GIS技术实验室、海洋生态系统与环境实验室、中美海洋遥感及渔业信息研究中心、海洋文化研究中心等研究机构。建有外国语言研究所、中国鱼文化研究所、鲸馆、水生生物科技馆、校史馆、三史馆、大学生校园文化展示馆，拥有国内外闻名的鱼类研究室、标本室。拥有现代化的校园网络，建有服务我国水产行业的中国水产网。学校图书馆现有纸质图书约122万册，电子图书约70万册，数据库30余个，馆藏资源突出学校的海洋、水产、食品特色。由学校承办的《水产学报》、主办的《上海海洋大学学报》被列为中文核心期刊、中国科技核心期刊和中国科技论文统计源期刊，《水产学报》获“百种中国杰出学术期刊”称号。学校是上海市水产学会、上海市食品学会、上海市渔业经济研究会和上海市延安精神研究会挂靠单位。

学校教育体系完备，优势学科明显，研究成果显著。拥有研究生教育、普通本专科教育、继续教育及留学生教育。拥有2个博士后科研流动站、3个一级学科博士学位授权点、10个一级学科硕士学位授权点、3个研究生专业学位授权点涉及8个领域、47个本科专业及方向、10个高职专业。现有1个国家重点学科、3个上海高校一流学科、12个省部级重点学科，5个国家特色专业、3门国家精品课程、20门上海市精品课程、2门上海市体育与健康教育精品课程、8门上海市示范性全英语教学课程、1个国家级和4个市级教学团队、2个国家级实验教学示范中心，获7项一等奖、14项二等奖等上海市教学成果奖。“十二五”以来，学校在自然科学和人文哲社学科取得多项突破性的研究成果，在水产养殖、海洋渔业、水产品加工、食品安全、农产品低温物流、渔业经济管理等领域做出了重大贡献。获国家级科技进步奖2项、省部级奖16项、上海市决策咨询奖6项等。

学校目前共有12个学院（部），全日制普通本专科生13000余人、研究生3000余人；教职工1200余名，其中教学科研人员近900名，具有高级专业技术职务500余名，博士生、硕士生导师600余名。学校拥有双聘院士2名、第一批“长江学者奖励计划”特聘教授1名、国家“千人计划”3名、国家“青年千人计划”1名、国家杰出青年科学基金获得者1名、百千万工程国家级人才4名、国务院学科评议组成员（第七届）2名、国务院政府特贴人员11名、科技部中青年科技创新领军人才1名、教育部新世纪人才2名、省级有突出贡献专家2名、上海“千人计划”5名、上海市领军人才5名、上海市优秀学科带头人6名、上海市优秀技术带头人1名、省市级教学名师3名、“百千万人才工程”（省级）2名、一级学会会长3名等，拥有上海市东方学者18名、青年东方学者2名、上海曙光学者15名、上海浦江计划17名、上海科技启明星10名、阳光学者6名、晨光计划7名等为骨干的师资队伍。