学校目前有浦东新区沪城环路校区、杨浦区军工路校区、杨浦区民星路校区3个校区，根据上海高校布局结构调整规划，学校于2008年整体搬迁至上海临港新城办学，主校区沪城环路校区占地约1600余亩，规划建设面积58.6万平方米。此外，在上海市浦东新区、浙江省象山县建有两个科研教学基地和洋山港海洋生态系统野外科学观测。

学校办学条件优良，教学实验室和专业实验室设施齐备。拥有国家远洋渔业工程技术研究中心、国家水产实验教学示范中心和上海海洋国家大学科技园；拥有教育部水产种质资源创新与利用重点实验室、大洋渔业资源可持续开发省部共建重点实验室等教育部重点实验室；拥有淡水水产种质资源与利用、水产品贮藏保鲜风险评估等农业部重点实验室；拥有国家水生动物病原库、团头鲂遗传育种中心、鱼类营养与环境生态研究中心、中国渔业发展战略研究中心、淡水水产品加工技术研发分中心、冷库及制冷设备质量监督检验检测中心、远洋渔业培训中心等农业部重点基地平台；学校拥有4个上海市工程技术研究中心、1个上海市高校重点实验室、1个上海高校工程技术研究中心和1个上海高校水产养殖E-研究院等；建有国际海洋研究中心、中美（SHOU－NOAA）海洋遥感及渔业信息研究中心、淡水鱼加工利用研究室等一批国家合作平台。

学校建有上海海洋大学海洋科学研究院，下设数字海洋研究所、海洋药物系统及神经科学研究所、海洋药物与健康食品研究所、海洋政策与法律研究所，海洋渔业遥感GIS技术实验室、海洋生态系统与环境实验室、中美海洋遥感及渔业信息研究中心、海洋经济研究中心、海洋文化研究中心等研究机构。建有农业研究院、公共管理研究所、中国鱼文化研究所、外国语言研究所及博物馆，拥有国内外闻名的鱼类研究室、标本室，同时学校在全国各地有50多个教学实践基地。拥有现代化的校园网络，并建有服务我国水产行业的中国水产网。学校图书馆现有纸质图书约120万册，电子图书约70万册，数据库30余个，图书突出学校的海洋、水产、食品特色。由学校承办的《水产学报》、主办的《上海海洋大学学报》被列为中文核心期刊、中国科技核心期刊和中国科技论文统计源期刊，《水产学报》获第一、二届“百种中国杰出学术期刊”称号。学校是上海市水产学会、上海市食品学会、上海市渔业经济研究会和上海市延安精神研究会挂靠单位。