近五年，承担科研项目1180项，其中国家级项目40项，省部级项目122项，厅局级项目212项；科研成果获省部级5项，获厅局级奖励129项；出版专著283部，教材43部；发表论文2131篇，其中被SCI等收录论文187篇；鉴定成果354项，获专利209项。中华医学会行为医学分会和山东省行为医学专业委员会挂靠学校，主办《中华行为医学与脑科学杂志》、《中华诊断学电子杂志》、《精神医学杂志》和《济宁医学院学报》，均向国内外公开发行。《中华行为医学与脑科学杂志》为中国权威学术期刊，名列基础医学类期刊第一名，并入选“中国科协精品科技期刊工程项目”。

学校坚持“为国家育人才，为大众谋健康”的办学宗旨，秉承“明德、仁爱、博学、至善”的校训，弘扬“求精、求是”的校风，薪火相传，矢志不渝，不懈奋斗，形成了“诲人不倦”的教风和“学而不厌”的学风。紧紧围绕建设“特色鲜明、国内知名的应用型现代医药科技大学”的宏伟目标，致力于培养“品德高尚、业务精湛、身心健康”的应用型人才，为国家和社会输送了大批专门人才。