济宁医学院附属医院是一所集医疗、教学、科研、预防保健为一体的，拥有开放床位3018张、固定资产总值20亿余元，在全国医疗卫生行业具有知名品牌的大型综合性“三级甲等医院”。

学校设有临床医学一级学科专业硕士学位授权点。学校临床医学专业、预防医学专业为教育部高等学校特色专业；有精神医学、护理学专业等5个省级特色专业。医学免疫学为国家级精品资源共享课程；有医学检验基础、护理学专业急危重症等4个省级精品课程群；有30余门省级精品课程。学校现有病理学与病理生理学、神经病学等6个山东省重点学科；有山东省出生缺陷研究与转化协同创新中心、山东省心脏疾病诊疗等8个省级重点实验室；有与华大基因研究院合作的政府主导型公共服务平台—生命医学联合实验室、国家基因库—济宁临床样本分库等省级科研平台和行为与健康高校人文社会科学研究基地；有生物技术与药物研发中心建设项目等2个济宁市生物产业创新平台；有山东省行为医学教育研究所等28个研究机构和山东省唯一一个高校司法鉴定中心。学校建立中英联合分子医学与神经生物学实验室等3个国际合作实验室（所）。

济宁医学院附属医院有国家级临床重点专科2个，有神经外科、内分泌科等15个省级重点学科（专科）、实验室以及内分泌科、骨科等19个市校级重点学科（专业）、实验室。

近年来，学校共承担各级各类课题500余项，其中国家自然科学基金、省自然科学基金、省科技攻关课题、国家科技部“十一五”支撑计划、973、863项目子课题、国际合作项目150余项。在国内外学术期刊发表学术论文3000余篇，其中被SCI、EI等权威检索收录机构收录论文200余篇。中华医学会行为医学分会和山东省行为医学专业委员会挂靠我校，学校主办的全国中文核心期刊《中华行为医学与脑科学杂志》、《中华诊断学电子杂志》和《济宁医学院学报》面向国内外公开发行。《中华行为医学与脑科学杂志》2012年被评为中国权威学术期刊，名列基础医学类期刊第一名。

学校十分重视对外交流与合作，长期以来与美国孟菲斯大学、瑞典卡罗林斯卡医学院、台湾慈济大学医学院等10多所国家和地区的高等院校、医疗机构和科研单位建立了良好合作关系，在教学、科研、医疗、师资培养等方面开展卓有成效的合作和交流。