学校的临床医学专业、预防医学专业为教育部高等学校特色专业；临床医学（精神病与精神卫生方向）、护理学专业为省级特色专业。医学免疫学被评为国家级精品课程。生理学、医学免疫学、诊断学、药理学、病理学、医学化学等多门课程被评为省级精品课程。病理学与病理生理学、神经病学、心血管疾病研究诊疗中心、神经内科学为山东省重点学科；学校现有行为医学、心血管疾病诊治、职业卫生与环境医学等省级重点实验室。有山东省行为医学研究所、心血管诊疗中心、神经生物学研究所等28个研究机构。

十一五以来，学校共承担各级各类课题430余项，省部级课题40多项，其中国家自然科学基金7项、省自然科学基金及省科技攻关课题60余项、横向合作课题包括国家科技部“十一五”支撑计划、973、863项目子课题、国际合作项目近20项，厅局级课题254项，校级课题100余项。承担课题总数同比增加88.5%，省部级以上课题总数同比增加162.5%，课题经费总量同比增加148%，其中省自然科学基金项目立项实现了学校省自然基金立项的历史性突破。在国内外学术期刊发表学术论文3700余篇；科研奖励数量与2008年相比增长10%，发表论文数量增长63.4%。近年在国际和全国各类学术会议交流学术论文800余篇，其中出席重要国际学术会议80余人次。

中华医学会行为医学分会和山东省行为医学专业委员会挂靠我校，学校主办的全国中文核心期刊——《中华行为医学与脑科学杂志》和《济宁医学院学报》，面向国内外公开发行。

学校十分重视对外交流与合作，长期以来我校与美国麻省医药学院、澳大利亚南岸学院、瑞典卡罗林斯卡医学院、台湾慈济大学医学院等10多所国家和地区的高等学校、医院和科研单位建立了长期合作关系。在教学、科研、医疗、师资培养等各个方面进行了卓有成效的合作和交流。学校定期选送部分本科生和研究生出国学习或联合培养。

学校已连续24年被山东省人民政府授予“省级文明单位”，连续27年被济宁市人民政府授予“市级文明单位”，近年来，学校先后被授予山东拾省级文明校园”、“山东省德育工作优秀高校”、“全国大中专学生三下乡社会实践活动先进单位”、“第十一届全国运动会志愿服务突出贡献奖”等荣誉称号。