学校具有较强的科技创新能力。有中医学、中药学、中西医结合3个博士后科研流动站，设有4个研究所、6个研究室，2个国家中医药管理局重点研究室，3个山东省工程技术研究中心。“十一五”以来，共承担厅局级以上科研课题739项，其中国家级项目143项。在省属高校中首家主持国家“973”项目1项，承担“973”项目课题3项，牵头国家“十一五”科技支撑计划项目4项，财政部“中医药古籍保护与利用能力建设”重大专项1项；2010年国家重大、重点科研项目累计科研经费突破1亿元，中医临床研究基地建设资金2.8亿元；获国家科技进步二等奖2项，省部级奖励78项、厅局级奖励77项。是科技部认定的“国家科技成果重点推广项目技术依托单位”、“国家中药现代化、产业化规范种植项目承担单位”。

学校注重加强学科建设，形成了一批优势和特色学科。现有中医基础理论、中医医史文献2个国家重点学科和中医内科学1个国家重点（培育）学科。1个教育部重点实验室，1个国家卫生部技术准入专科；国家中医药管理局重点学科12个、重点专科(专病)3个、重点建设专科5个、重点实验室6个；有山东拾泰山学者”岗位学科6个，山东省人文社科研究基地1个，省级重点学科、重点专科、重点实验室等14个。

学校高举中国特色社会主义伟大旗帜，以邓小平理论和“三个代表”重要思想为指导，深入贯彻落实科学发展观和党的教育方针，以建设高水平特色名校为目标，以科学发展为主题，以人才培养为根本任务，以提高质量和科技创新为主线，以解放思想、深化改革为动力，凝聚全校师生的力量，统一思想，抢抓机遇，突出特色，奋发进取，以高昂的斗志、扎实的工作，全面推进高水平特色名校建设，正在为实现山东中医药大学新的历史性跨越而努力奋斗！