学校学科建设成绩斐然，科技创新能力不断增强。学校的地球科学、植物学与动物学、工程技术、化学、材料科学、农学、生物学与生物化学、环境学与生态学、药理学与毒理学等9个学科（领域）跻身美国ESI全球科研机构排名前1%。“十一五”以来，主持国家级各类项目1200余项。管华诗院士领衔完成的项目“海洋特征寡糖的制备技术（糖库构建）与应用开发”，获2009年度国家技术发明一等奖；荣获国家技术发明二等奖2项、国家科技进步二等奖6项、省部级科技奖励70项、人文社会学科省部级奖励69项；被SCI、EI、ISTP等三大收录系统收录论文17000余篇，申请发明专利1549项，授权发明专利881项，其中国际发明专利24项。

21世纪是海洋世纪。学校的发展目标是：到2025年建校百年前后，将学校建设成为国际知名、特色显著的高水平研究型大学；到本世纪中叶或更长一段时间，立足海洋强国建设，大力推进改革创新，通过强化建设和持续发展，努力实现全面跨越，力争使学校跻身特色显著的世界一流大学行列。