近年来，学校共承担各级各类课题500余项，其中国家自然科学基金、省自然科学基金、省科技攻关课题、国家科技部“十一五”支撑计划、973、863项目子课题、国际合作项目百余项。在国内外学术期刊发表学术论文3000余篇。

中华医学会行为医学分会和山东省行为医学专业委员会挂靠我校，学校主办的全国中文核心期刊——《中华行为医学与脑科学杂志》、《中华诊断学电子杂志》和《济宁医学院学报》面向国内外公开发行。《中华行为医学与脑科学杂志》2012年被评为中国权威学术期刊，名列基础医学类期刊第一名。

学校十分重视对外交流与合作，长期以来我校与美国麻省医药学院、瑞典卡罗林斯卡医学院、台湾慈济大学医学院等10多所国家和地区的高等学校、医院和科研单位建立了长期合作关系。在教学、科研、医疗、师资培养等各个方面进行了卓有成效的合作和交流。2011年，学校与美国孟菲斯大学合作举办护理专业教育国际合作项目。

近年来，普通本专科毕业生就业率保持在92%以上，研究生考取率位于同类院校前列。

学校已连续27年被山东省人民政府授予“省级文明单位”，连续30年被济宁市人民政府授予“市级文明单位”，近年来，先后被授予山东省“省级文明校园”、“山东省德育工作优秀高校”、“山东省大学生思想政治教育先进单位”。